Okres przechowywania przez 50 lat dotyczy akt osobowych i dokumentacji płacowej, czyli dowodów na przebieg zatrudnienia i prawa do emerytury lub renty (art. 51u ustawy z 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach; tekst jedn. DzU z 2006 r. nr 97, poz. 673 ze zm.). Ewidencja czasu pracy nie jest częścią akt osobowych ani listy płac. Tym samym nie trzeba jej trzymać przez tak długi okres.
Przepisy regulują obowiązek przechowywania ewidencji czasu pracy jedynie tej prowadzonej dla kierowców. W stosunku do tej grupy zawodowej obowiązuje wyraźny nakaz jej trzymania przez trzy lata po zakończeniu okresu nią objętego (art. 25 ust. 2 pkt 2 ustawy z 16 kwietnia 2004 r. o czasie pracy kierowców; DzU nr 92, poz. 879 ze zm.). W analogiczny sposób należy jednak podejść do ewidencji prowadzonej dla innych pracowników. Jest to bowiem termin, po jakim przedawniają się roszczenia ze stosunku pracy (art. 291 § 1 kodeksu pracy).
Przy braku ewidencji czasu pracy pracodawca ma znacznie mniejsze szanse na udowodnienie, że pracownik nie wykonywał zadań w godzinach nadliczbowych i że jego roszczenie o wypłatę wynagrodzenie za pracę nadliczbową jest bezzasadne. Czas przechowywania ewidencji należy więc ściśle wiązać z terminem przedawnienia roszczeń pracowniczych. Po tym czasie dokumentację tę należy zniszczyć.
Warto jeszcze odnieść się do przepisów dotyczących postępowania z dokumentacją oraz zasad jej klasyfikowania, kwalifikowania i przekazywania do archiwum, które nakazują przechowywać analizy efektywnego czasu pracy przez 25 lat (rozporządzenie ministra kultury z 16 września 2002 r.; DzU nr 167, poz. 1375). Nie chodzi tu jednak o ewidencję czasu pracy, ale o zbiorcze lub cykliczne (kwartalne, roczne) opracowanie w formie tabelarycznej i opisowej.
To rodzaj analiz służących pracodawcy, dotyczących np. wykorzystania nominalnego czasu pracy, czy absencji chorobowej pracowników w danym okresie.
