Ustawodawca przewidział więc kilka rozwiązań, dzięki którym w toku postępowania możliwe jest usunięcie określonych braków. Zgodnie z art. 35 ust. 1 ustawy prawo budowlane, przed wydaniem pozwolenia na budowę właściwy organ (starosta lub prezydent miasta na prawach powiatu) sprawdza zgodność projektu budowlanego z ustaleniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego i innymi aktami prawa miejscowego albo decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu w przypadku braku miejscowego planu, a także wymaganiami ochrony środowiska. Organ sprawdza też m.in. zgodność projektu zagospodarowania działki z przepisami techniczno-budowlanymi, kompletność projektu budowlanego, posiadanie wymaganych opinii, uzgodnień, pozwoleń i sprawdzeń. Z kolei zgodnie ust. 3 art. 35, w razie stwierdzenia naruszeń w którymś z wymienionych powyżej elementów, organ administracji architektoniczno-budowlanej nakłada postanowieniem na wnioskodawcę obowiązek usunięcia wskazanych nieprawidłowości, określając termin ich usunięcia. Po jego bezskutecznym upływie wydaje decyzję o odmowie zatwierdzenia projektu i udzielenia pozwolenia na budowę.