Zniszczenie lub zagubienie dokumentów źródłowych może prowadzić do różnych komplikacji, takich jak trudności z udowodnieniem prawidłowości przeprowadzonych transakcji handlowych, problemów z audytami podatkowymi, a także z ryzykiem nałożenia sankcji i kar przez właściwe organy podatkowe. Brak dokumentacji źródłowej w formie, która byłaby akceptowalna prawnie, może również utrudnić lub nawet uniemożliwić skorzystanie z możliwości obniżenia podstawy opodatkowania CIT. Aby więc zabezpieczyć się przed problemami związanymi ze zniszczeniem dokumentów źródłowych, warto prowadzić cyfrowy katalog zeskanowanej dokumentacji źródłowej oraz tworzyć regularne kopie danych.