W ostatnim czasie pojawia się coraz więcej orzeczeń sądów administracyjnych potwierdzających, że prawidłowo sporządzona analiza porównawcza może stanowić niezwykle istotne narzędzie zarówno dla podatników, jak i dla organów podatkowych.
Nie są już rzadkością sytuacje, w których organy podatkowe kwestionują analizy cen transferowych – sporządzają nowe analizy lub modyfikują te przedstawione przez podatników. Organy mają dostęp do tych samych baz danych, z których korzystają podmioty sporządzające analizy. Bardzo często ostatecznie skutkiem zakwestionowania benchmarku jest zwiększenie zobowiązania podatkowego. Ważnym narzędziem obronnym przed ewentualnymi zarzutami organów podatkowych dotyczącymi nierynkowego charakteru transakcji jest posiadanie dobrej analizy cen transferowych, odzwierciedlającej specyfikę transakcji i profil funkcjonalny uczestniczących w niej podmiotów.