Do podatnika na estońskim CIT w okresie opodatkowania ryczałtem znajdują zastosowanie przepisy o cenach transferowych, dotyczące dokumentacji cen transferowych, informacji o cenach transferowych oraz tzw. symetrycznej korekty cen transferowych.
Nawet najlepiej przygotowana dokumentacja cen transferowych nie obroni transakcji z podmiotem powiązanym, której przebieg, podział funkcji, aktywów i ryzyk albo mechanizm wynagrodzenia nie odpowiadają zasadzie ceny rynkowej.