Fundacja rodzinna może posiadać w swoim majątku nieruchomości i zarządzać nimi na rzecz beneficjentów, jednak każdy sposób wykorzystania lub dysponowania nieruchomościami wiąże się z odmiennymi konsekwencjami podatkowymi. Zarówno wynajem, udostępnianie, jak i sprzedaż nieruchomości mogą spowodować obowiązek zapłaty CIT lub PIT, jeśli uznane zostaną za działalność wykraczającą poza dozwolony zakres. Dodatkowo, w sytuacji gdy fundator korzysta z nieruchomości należącej do fundacji, pojawiają się dodatkowe obciążenia podatkowe, których nie ma przy posiadaniu nieruchomości na własność. Fundacja – jako osoba prawna – może także płacić wyższy podatek od nieruchomości niż osoba fizyczna.