Estoński CIT jest rozwiązaniem, które pozwala spółkom przesunąć w czasie opodatkowanie wypracowanego zysku do momentu jego dystrybucji. W praktyce jednak przedsiębiorstwa korzystające z tego modelu nie zawsze funkcjonują w niezmienionej strukturze organizacyjnej. Rozwój działalności, ograniczanie kosztów administracyjnych czy potrzeba uproszczenia zarządzania grupą kapitałową mogą przemawiać za połączeniem dwóch podmiotów.
W takiej sytuacji pojawia się pytanie, czy przejęcie jednej spółki przez drugą oznacza konieczność zakończenia opodatkowania estońskim CIT i rozliczenia dotychczas nieopodatkowanych zysków. Wątpliwości dotyczą również tego, czy samo przeniesienie majątku spółki przejmowanej powoduje powstanie dochodu podlegającego opodatkowaniu.