Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w wyroku z 14 stycznia 2022 r. (I SA/Bk 550/21).
Spółka jako kupujący zawarła umowę przedwstępną sprzedaży prawa użytkowania wieczystego nieruchomości będącej własnością Skarbu Państwa. Nieruchomość składa się z działek wraz z prawem własności wszelkich budynków, budowli i urządzeń posadowionych na tych działkach. Część działek objętych umową to nieruchomości zabudowane, a część niezabudowane. W umowie przewidziano, że w sytuacji, gdy planowana dostawa będzie podlegała zwolnieniu z opodatkowania podatkiem od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, strony umowy złożą oświadczenie o rezygnacji z tego zwolnienia. Spółka zadała pytanie, czy strony mogą złożyć takie oświadczenie i czy zaliczka z tytułu planowanej transakcji, zapłacona przed złożeniem przed strony wspomnianego oświadczenia o wyborze opodatkowania, powiększona o podatek od towarów i usług, daje spółce prawo do odliczenia VAT. Zdaniem spółki, gdy istnieje wola stron umowy, by zrezygnować ze zwolnienia z VAT przy dostawie nieruchomości, opodatkowanie VAT otrzymanej zaliczki jest prawidłowe i w pełni uzasadnione (nawet jeżeli sprzedający otrzyma zaliczkę przed złożeniem we właściwym urzędzie skarbowym oświadczenia o rezygnacji ze zwolnienia i wyborze opodatkowania). W związku zaś z zamiarem wykorzystania nieruchomości przez nabywcę do czynności opodatkowanych, przysługuje mu prawo odliczenia VAT od uiszczonej zaliczki.