Koncepcja podzielonej płatności zakłada, że podatnicy VAT prowadziliby dwa rachunki dla rozliczeń za obrót towarami i usługami. Na jeden z nich trafiałaby od kontrahentów kwota należności netto, a na drugi – kwota podatku od towarów i usług. Przedsiębiorca mógłby używać rachunku „podatkowego" tylko do rozliczeń z fiskusem. Miałoby to poważnie zwiększyć kontrolę fiskusa nad tym, co podatnik robi z pieniędzmi, które jest winien państwu.

Najpoważniejszy zarzut Rady dotyczy przepisów przewidujących przepadek środków na koncie „podatkowym" w przypadku wykreślenia podatnika z rejestru. Zarzucono projektodawcom, że taki przepis wkracza w sferę prawa własności. Konto takie wprawdzie ma służyć do rozliczeń fiskalnych, ale podatnik wciąż ma być właścicielem zgromadzonych na nim pieniędzy. „Zgodnie z art. 46 konstytucji przepadek rzeczy może nastąpić tylko w przypadkach określonych w ustawie i tylko na podstawie prawomocnego orzeczenia sądu" – czytamy w opinii. Tymczasem w dodawanych przepisach ustawy o VAT nie ma mowy o sądowym stwierdzeniu przepadku rzeczy ani też odniesienia do przepisów kodeksu postępowania cywilnego o przepadku rzeczy.

Podzielona płatność miałaby się, według projektu, dokonywać według mechanizmu określanego jako „dedykowany komunikat przelewu". To pojęcie jest nie tylko słabo związane z poprawną polszczyzną, ale też – na co zwraca uwagę Rada – zupełnie niezdefiniowane w projektowanych przepisach. Wprawdzie w projekcie zaznaczono, że ten mechanizm ma być wyjaśniony w komunikacie na stronach internetowych MF, ale to też nie spodobało się recenzentom. Zauważyli, że ta strona internetowa nie jest źródłem prawa powszechnie obowiązującego.

Projekt MF był już krytykowany przez organizacje przedsiębiorców za nadmierne ograniczenia w korzystaniu z pieniędzy na „podatkowym" koncie. Groziłoby to bowiem, zwłaszcza małym firmom, poważnymi zaburzeniami płynności finansowej. Rada Legislacyjna też nawiązała to tego problemu. Dostrzegła przepis przewidujący, że w uzasadnionych przypadkach naczelnik urzędu skarbowego może się zgodzić na inne przeznaczenie tych środków. Na wydanie stosownego postanowienia miałby jednak aż 90 dni. Tak długi termin Rada uznała za „kompletnie niezrozumiały". Stwierdziła też, że „w konsekwencji może zniechęcić podatników do stosowania dobrowolnego mechanizmu podzielonej płatności".

Datowana na 9 czerwca opinia Rady oparta jest na opinii prof. Antoniego Hanusza, sędziego Naczelnego Sądu Administracyjnego, wybitnego znawcy problematyki podatkowej.