Realizacja przysługującego podatnikom VAT uprawnienia w zakresie odliczenia podatku naliczonego prowadzi nierzadko do sytuacji, w której w konkretnym okresie rozliczeniowym występuje u nich nadwyżka tego podatku nad podatkiem należnym. Podatnicy mają wtedy do wyboru dwie możliwości. Po pierwsze, mogą przenieść taką nadwyżkę do rozliczenia w kolejnych okresach rozliczeniowych. Po drugie, mogą wystąpić o zwrot bezpośredni takiej nadwyżki na rachunek bankowy. I właśnie to drugie rozwiązanie wydaje się szczególnie korzystne dla tych podatników, którzy w najbliższych, kolejnych okresach rozliczeniowych nie spodziewają się podatku należnego pozwalającego na „skonsumowanie" nadmiaru podatku naliczonego.

Termin zwrotu nadwyżki jest szczegółowo uregulowany w ustawie o VAT. Jest to 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika (art. 87 ust. 2 ustawy o VAT). Jest to termin podstawowy, co oznacza, że znajduje zastosowanie w każdej sytuacji, w której nie zostały przewidziane odrębne regulacje. Na wniosek podatnika, złożony wraz z deklaracją podatkową, urząd skarbowy jest obowiązany zwrócić różnicę podatku w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, gdy kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, wynikają z:

Stanowi o tym art. 87 ust. 6 ustawy o VAT. Tym samym, otrzymanie zwrotu VAT w terminie 25-dniowym możliwe jest wyłącznie w stosunku do kwoty podatku naliczonego wynikającego z ww. tytułów. Występując o przyspieszony (25-dniowy) zwrot, trzeba jednak pamiętać o stanowisku organów podatkowych, które twierdzą, że nie ma możliwości jednoczesnego zwrócenia się o zwrot części nadwyżki w terminie 25-dniowym (np. z tytułu części faktur, które są zapłacone), a części w terminie 60-dniowym (np. z tytułu faktur niezapłaconych). Pogląd ten wyraziła m.in. Izba Skarbowa w Łodzi w interpretacji z 8 lutego 2012 r. (IPTPP1/443- -977/11-2/RG).

Niewątpliwie, najmniej korzystny jest termin właściwy dla podatników, którzy w okresie rozliczeniowym nie wykonali czynności na terytorium kraju oraz czynności wskazanych w art. 86 ust. 8 ustawy o VAT (chodzi np. o dostawę towarów lub świadczenie usług wykonywanym poza granicami, który uprawniałaby do odliczania VAT w przypadku ich wykonywania w kraju.). W takiej sytuacji zwrot podatku jest bowiem dokonywany dopiero w terminie 180 dni od dnia złożenia rozliczenia wraz z umotywowanym wnioskiem (art. 87 ust. 5a). Podatnik może jednak otrzymać zwrot w terminie 60 dni, jeżeli wystąpi z takim wnioskiem oraz złoży wymagane zabezpieczenie majątkowe.

Występując z wnioskiem o zwrot VAT warto także pamiętać o możliwości przedłużenia terminu zwrotu VAT. Jeżeli bowiem zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, to naczelnik urzędu skarbowego może wydłużyć termin zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanych w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej (art. 87 ust. 2 ustawy o VAT). Urząd skarbowy może w takim przypadku dokonać zwrotu w terminie 60 dni, jeśli podatnik wraz z wnioskiem o zwrot złoży w urzędzie zabezpieczenie majątkowe.