Organ podatkowy wydający decyzję ma obowiązek wyjaśnić w drodze postanowienia wątpliwości co do treści decyzji, jeśli strona zgłosi takie żądanie. Na takie postanowienie strona może złożyć zażalenie w terminie 7 dni od daty doręczenia postanowienia (art. 215 § 2 i 3 w związku z art. 236 § 2 ordynacji podatkowej).

Wyjaśnienie wątpliwości co do treści decyzji jest potrzebne wtedy, gdy jej treść jest sformułowana w sposób niejasny, budzący wątpliwości co do istoty rozstrzygnięcia, powodujący trudności w ustaleniu zakresu obowiązku bądź przysługującego uprawnienia (postanowienie NSA z 24 lutego 2000 r., III SA 761/99). Wyjaśnienie wątpliwości polega na zinterpretowaniu użytych w decyzji niezrozumiałych lub niejasnych sformułowań czy pojęć.

Poprzez złożenie wniosku o wyjaśnienie wątpliwości co do treści decyzji strona ma możliwość usunięcia niejasności w tej kwestii, w szczególności wtedy, gdy ta decyzja jest niejednoznaczna lub gdy jej treść jest zawiła i przez to strona ma trudności w ustaleniu sensu rozstrzygnięcia sprawy.

Wyjaśnienie przez organ podatkowy wątpliwości nie może prowadzić do nowej oceny stanu faktycznego lub prawnego. Nie może także powodować zmiany merytorycznej wydanej decyzji, a także do jej uzupełnienia. Niedopuszczalne jest również w tym trybie prostowanie niedokładności czy też omyłek albo lapidarności w zakresie ustaleń faktycznych wynikających z uzasadnienia decyzji (wyrok NSA z 16 lutego 2000 r., I SA/Lu 1438/98). W drodze instytucji wyjaśnienia treści decyzji nie można uzupełniać decyzji ani jej poprawiać (wyrok NSA z 13 czerwca 2008 r., II FSK 594/07).

Oznacza to, że dokonując wyjaśnienia decyzji, organ podatkowy nie jest uprawniony do wychodzenia poza merytoryczną treść, którą jej pierwotnie nadał (dotyczy to zarówno sentencji, jak i uzasadnienia), a działając w granicach wyznaczonych decyzją, musi wyłożyć stronie niezrozumiały dla niej sens rozstrzygnięcia. W konsekwencji, nie jest dopuszczalne wyjaśnianie treści decyzji wtedy, gdy to, co wynika z jej treści, jest jasne i nie budzi wątpliwości. W drodze wyjaśnienia nie można dokonywać wykładni przepisów będących podstawą wydania decyzji, ponieważ temu służy jej uzasadnienie. Przyjęcie odmiennego poglądu jest niedopuszczalne, ponieważ oznaczałoby w istocie zastąpienie drogi odwoławczej środkiem procesowym służącym odmiennym celom (wyrok WSA w Warszawie z 25 lutego 2010 r., III SA/Wa 1065/09).

Z art. 215 § 2 o.p. wprost wynika, że ustawodawca przewidział możliwość tylko "wyjaśnienia" przez organ wątpliwości co do jego decyzji. Przepis ten nie może być wykorzystywany do kwestionowania zasadności merytorycznej treści decyzji, a jedynie do objaśnienia, jak organ rozumiał jej sens. Organ podatkowy nie może wyjść poza treść dokonanego rozstrzygnięcia, gdyż przez wyjaśnienie treści decyzji nie może doprowadzić do nowego rozstrzygnięcia sprawy podatkowej, ani go uzupełnić czy zmieniać. Wyjaśnienie wątpliwości polega na objaśnieniu użytych w decyzji niezrozumiałych bądź niejasnych sformułowań lub pojęć. Ustalenia faktyczne będące podstawą wydanej decyzji, czy też błędna wykładnia lub niewłaściwe zastosowanie prawa materialnego mogą być zwalczane w innym trybie - odwoławczym bądź też w trybie nadzoru (wyrok WSA w Szczecinie z 26 lipca 2012 r., I SA/Sz 270/12).

Wniosek o wyjaśnienie wątpliwości co do treści decyzji strona może złożyć w dowolnym terminie (np. w terminie do wniesienia odwołania – 14 dni od daty otrzymania decyzji, jak i miesiąc po otrzymaniu takiej decyzji). Ustawodawca nie przewidział takiego obligatoryjnego terminu – tak jak ma to miejsce w przypadku wniosku o uzupełnienie decyzji, kiedy to należy wystąpić z takim wnioskiem w terminie 14 dni od daty doręczenia decyzji (art. 213 § 1 o.p.).

Złożenie wniosku o wyjaśnienie wątpliwości co do treści decyzji nie wymaga uiszczenia opłaty, zatem strona nie ponosi kosztów związanych z wystąpieniem z takim wnioskiem do organu podatkowego.