Organ podatkowy wydający decyzję ma obowiązek wyjaśnić w drodze postanowienia wątpliwości co do treści decyzji, jeśli strona zgłosi takie żądanie. Na takie postanowienie strona może złożyć zażalenie w terminie 7 dni od daty doręczenia postanowienia (art. 215 § 2 i 3 w związku z art. 236 § 2 ordynacji podatkowej).
Wyjaśnienie wątpliwości co do treści decyzji jest potrzebne wtedy, gdy jej treść jest sformułowana w sposób niejasny, budzący wątpliwości co do istoty rozstrzygnięcia, powodujący trudności w ustaleniu zakresu obowiązku bądź przysługującego uprawnienia (postanowienie NSA z 24 lutego 2000 r., III SA 761/99). Wyjaśnienie wątpliwości polega na zinterpretowaniu użytych w decyzji niezrozumiałych lub niejasnych sformułowań czy pojęć.
Poprzez złożenie wniosku o wyjaśnienie wątpliwości co do treści decyzji strona ma możliwość usunięcia niejasności w tej kwestii, w szczególności wtedy, gdy ta decyzja jest niejednoznaczna lub gdy jej treść jest zawiła i przez to strona ma trudności w ustaleniu sensu rozstrzygnięcia sprawy.
Wyjaśnienie przez organ podatkowy wątpliwości nie może prowadzić do nowej oceny stanu faktycznego lub prawnego. Nie może także powodować zmiany merytorycznej wydanej decyzji, a także do jej uzupełnienia. Niedopuszczalne jest również w tym trybie prostowanie niedokładności czy też omyłek albo lapidarności w zakresie ustaleń faktycznych wynikających z uzasadnienia decyzji (wyrok NSA z 16 lutego 2000 r., I SA/Lu 1438/98). W drodze instytucji wyjaśnienia treści decyzji nie można uzupełniać decyzji ani jej poprawiać (wyrok NSA z 13 czerwca 2008 r., II FSK 594/07).
Oznacza to, że dokonując wyjaśnienia decyzji, organ podatkowy nie jest uprawniony do wychodzenia poza merytoryczną treść, którą jej pierwotnie nadał (dotyczy to zarówno sentencji, jak i uzasadnienia), a działając w granicach wyznaczonych decyzją, musi wyłożyć stronie niezrozumiały dla niej sens rozstrzygnięcia. W konsekwencji, nie jest dopuszczalne wyjaśnianie treści decyzji wtedy, gdy to, co wynika z jej treści, jest jasne i nie budzi wątpliwości. W drodze wyjaśnienia nie można dokonywać wykładni przepisów będących podstawą wydania decyzji, ponieważ temu służy jej uzasadnienie. Przyjęcie odmiennego poglądu jest niedopuszczalne, ponieważ oznaczałoby w istocie zastąpienie drogi odwoławczej środkiem procesowym służącym odmiennym celom (wyrok WSA w Warszawie z 25 lutego 2010 r., III SA/Wa 1065/09).
