Decydując się na spór z fiskusem, podatnik sporo ryzykuje. Często musi wyłożyć znaczne sumy na opłacenie wpisu sądowego, nie mając żadnej pewności, że sąd  w sporze z organami podatkowymi  przyzna mu rację. Jednocześnie, gdy sprawę już wygra, może liczyć na to, że odzyska,   jeśli nie całość poniesionych wydatków, to przynajmniej sporą ich część.

Gdy sąd pierwszej instancji (a więc wojewódzki sąd administracyjny) uwzględni skargę podatnika, przysługuje mu od organu podatkowego zwrot wszystkich kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw. Zalicza się do nich (gdy postępowanie prowadzone było przez  stronę osobiście lub przez pełnomocnika, który nie jest adwokatem lub radcą prawnym) poniesione koszty sądowe, koszty przejazdów do sądu podatnika lub pełnomocnika oraz równowartość zarobku utraconego wskutek stawiennictwa w sądzie. Suma kosztów przejazdu i równowartość utraconego zarobku nie może jednak przekraczać wynagrodzenia jednego adwokata lub radcy prawnego.

Jeśli podatnik w postępowaniu przed sądem reprezentowany był przez adwokata lub radcę prawnego, do niezbędnych kosztów zalicza się ich wynagrodzenie (ale nie wyższe niż stawki opłat określone w przepisach i wydatki jednego adwokata lub radcy prawnego), a także    koszty sądowe oraz koszty nakazanego przez sąd osobistego stawiennictwa strony. Zasady te stosuje się odpowiednio do strony reprezentowanej przez doradcę podatkowego.

Gdy podatnik przegrywa przed sądem pierwszej instancji, nie musi się martwić o koszty, w tej bowiem fazie  sprawy sąd może ściągnąć je tylko od organu. Gorzej, gdy sprawa przybierze dla niego zły obrót już przed Naczelnym Sądem Administracyjnym. To dlatego że tu obowiązuje już zasada orzekania o zwrocie kosztów w obie strony. Oznacza to, że  mogą być one zasądzone zarówno od organu, jak i od podatnika.

Naczelny Sąd Administracyjny przyzna podatnikowi  zwrot kosztów, gdy to on wniósł skargę kasacyjną i wygrał, a także gdy wyrok sądu pierwszej instancji (czyli wojewódzkiego sądu administracyjnego) uwzględniający skargę podatnika zakwestionował fiskus i przegrał. W odwrotnej sytuacji, czyli gdy to fiskus wniósł skargę kasacyjną i wygrał, koszty poniesie podatnik.

Warto również pamiętać, że sąd może nałożyć na podatnika obowiązek zwrotu kosztów – w całości lub w części – i to niezależnie od wyników sprawy, jeśli zostały one spowodowane jego niesumiennym lub oczywiście niewłaściwym postępowaniem.

W razie częściowego uwzględnienia skargi sąd może w uzasadnionych przypadkach zasądzić na rzecz skarżącego od organu tylko część kosztów. Zwłaszcza jeśli skarga została uwzględniona w części niewspółmiernej do wartości przedmiotu sporu ustalonej w celu pobrania wpisu.

Aby jednak można było w ogóle liczyć na zwrot poniesionych kosztów, trzeba o to wystąpić. Podatnik traci uprawnienie do żądania zwrotu kosztów, jeżeli najpóźniej przed zamknięciem rozprawy bezpośrednio poprzedzającej wydanie orzeczenia nie zgłosi wniosku o przyznanie należnych kosztów. Gdy podatnik działa bez adwokata lub radcy prawnego, sąd powinien pouczyć go o skutkach niezgłoszenia wniosku we wspomnianym terminie.