Decydując się na spór z fiskusem, podatnik sporo ryzykuje. Często musi wyłożyć znaczne sumy na opłacenie wpisu sądowego, nie mając żadnej pewności, że sąd w sporze z organami podatkowymi przyzna mu rację. Jednocześnie, gdy sprawę już wygra, może liczyć na to, że odzyska, jeśli nie całość poniesionych wydatków, to przynajmniej sporą ich część.
Gdy sąd pierwszej instancji (a więc wojewódzki sąd administracyjny) uwzględni skargę podatnika, przysługuje mu od organu podatkowego zwrot wszystkich kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw. Zalicza się do nich (gdy postępowanie prowadzone było przez stronę osobiście lub przez pełnomocnika, który nie jest adwokatem lub radcą prawnym) poniesione koszty sądowe, koszty przejazdów do sądu podatnika lub pełnomocnika oraz równowartość zarobku utraconego wskutek stawiennictwa w sądzie. Suma kosztów przejazdu i równowartość utraconego zarobku nie może jednak przekraczać wynagrodzenia jednego adwokata lub radcy prawnego.
Jeśli podatnik w postępowaniu przed sądem reprezentowany był przez adwokata lub radcę prawnego, do niezbędnych kosztów zalicza się ich wynagrodzenie (ale nie wyższe niż stawki opłat określone w przepisach i wydatki jednego adwokata lub radcy prawnego), a także koszty sądowe oraz koszty nakazanego przez sąd osobistego stawiennictwa strony. Zasady te stosuje się odpowiednio do strony reprezentowanej przez doradcę podatkowego.
Gdy podatnik przegrywa przed sądem pierwszej instancji, nie musi się martwić o koszty, w tej bowiem fazie sprawy sąd może ściągnąć je tylko od organu. Gorzej, gdy sprawa przybierze dla niego zły obrót już przed Naczelnym Sądem Administracyjnym. To dlatego że tu obowiązuje już zasada orzekania o zwrocie kosztów w obie strony. Oznacza to, że mogą być one zasądzone zarówno od organu, jak i od podatnika.
Naczelny Sąd Administracyjny przyzna podatnikowi zwrot kosztów, gdy to on wniósł skargę kasacyjną i wygrał, a także gdy wyrok sądu pierwszej instancji (czyli wojewódzkiego sądu administracyjnego) uwzględniający skargę podatnika zakwestionował fiskus i przegrał. W odwrotnej sytuacji, czyli gdy to fiskus wniósł skargę kasacyjną i wygrał, koszty poniesie podatnik.
