Wzruszenie, w trybie wznowienia postępowania, dotychczasowej decyzji ostatecznej i orzeczenie o wysokości zobowiązania w niższej wysokości, rodzi po stronie organu podatkowego obowiązek zwrotu, w terminie 30 dni od dnia wydania nowej decyzji, nadpłaty podatku wraz z oprocentowaniem w wysokości odsetek za zwłokę pobieranych od zaległości podatkowych. Stawka odsetek za zwłokę jest równa sumie 200% podstawowej stopy oprocentowania kredytu lombardowego, ustalanej zgodnie z przepisami o Narodowym Banku Polskim, i 2%, z tym że stawka ta nie może być niższa niż 8% . W przypadku zaległości podatkowej istniejącej w okresach, w których obowiązywały różne stawki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych, odsetki są naliczane odrębnie za każdy z tych okresów, a następnie podlegają sumowaniu.
Pomimo zaistnienia przesłanki wznowienia postępowania, organ podatkowy - po przeprowadzeniu wznowionego postępowania odmówi uchylenia decyzji dotychczasowej, jeżeli wydanie nowej decyzji nie mogłoby nastąpić z uwagi na upływ terminów przedawnienia przewidzianych w przepisach.
Reasumując, na ewentualne bezpośrednie koszty finansowe, które mogą powstać w konsekwencji wzruszenia dotychczasowych decyzji w związku z orzeczeniami Trybunału Sprawiedliwości UE, składają się kwoty zwracanych nadpłat wraz z odsetkami.
Odnosząc się do kwestii dotyczącej wpływu powołanego przez Pana orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawach w połączonych C-80/11 i C-142/11, na treść decyzji ostatecznych wydanych w przedmiocie podatku od towarów i usług, w opinii Ministerstwa Finansów należy wskazać, że art. 240 § 1 pkt 11 Ordynacji podatkowej powinien być interpretowany z uwzględnieniem wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z dnia 13 stycznia 2004 r. w sprawie C-453/00, w którym Trybunał wskazał przesłanki, których łączne spełnienie nakłada na organ administracji (w związku z wynikającą z art. 10 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską zasadą współpracy) obowiązek dokonania kontroli ostatecznej decyzji administracyjnej w przypadku, gdy złożono wniosek w celu uwzględnienia zapadłego po jej wydaniu orzeczenia Trybunału ustalającego wykładnię przepisu prawa wspólnotowego, będącą jedną z podstaw uprzednio wydanej decyzji. Wśród wskazanych w tym wyroku przesłanek, których spełnienie jest konieczne w celu ponownego rozpatrzenia decyzji ostatecznej, na szczególną uwagę zasługuje, w kontekście Pana pytań, ustanowiony wymóg, że decyzja ta została oparta na błędnej, w świetle późniejszego orzecznictwa Trybunału, wykładni prawa wspólnotowego przyjętej bez przedłożenia Trybunałowi wniosku o wydanie orzeczenia w trybie prejudycjalnym w warunkach określonych art. 234 akapit trzeci WE.
Przechodząc do analizy wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z dnia 21 czerwca 2012 r. wydanego w połączonych sprawach C-80/11 i C-142/11, istotnym jest, że wbrew wydźwiękowi, jaki jest nadawany ww. wyrokowi w mediach, nie stanowi on przełomu w dotychczasowej linii orzeczniczej Trybunału Sprawiedliwości UE. Wręcz przeciwnie, odpowiada on dotychczasowemu dorobkowi Trybunału w powyższym zakresie (por. wyrok z dnia 6 lipca 2006 r. w sprawach połączonych C-439/04 i 440/04 Axel Kittel i Recolta Recycling).
Przejawem konsekwencji Trybunału Sprawiedliwości w odniesieniu do kwestii odmowy przez organy podatkowe prawa do dokonania odliczenia podatku VAT jest wyrażone w wyroku w sprawach C-80/11 i C-142/11 stanowisko, zgodnie z którym zwalczanie przestępczości podatkowej, uchylanie się od opodatkowania oraz ewentualnych nadużyć jest celem uznanym i wspieranym przez dyrektywę 2006/112/WE. Trybunał podtrzymał stanowisko, że „(...) podmioty prawa nie mogą powoływać się na przepisy prawa Unii Europejskiej w celu popełnienia przestępstwa lub nadużycia swoich uprawnień" (por. pkt 41 ww. wyroku). „W związku z tym krajowe organy administracyjne i sądowe powinny odmówić prawa do odliczenia, jeżeli zostanie udowodnione na podstawie obiektywnych przesłanek, że skorzystanie z tego prawa wiązałoby się z przestępstwem lub nadużyciem (por. pkt 42 ww. wyroku).