Sprzedawca otrzymujący zaliczkę na poczet dostawy towaru lub wykonania usługi powinien wykazać należny VAT oraz udokumentować tę czynność fakturą zaliczkową. Podstawą do jej wystawienia jest § 10 rozporządzenia ministra finansów z 28 marca 2011 r. (DzU nr 68, poz. 360) regulującego m.in. zasady wystawiania faktur.
Jeżeli otrzymana zaliczka nie obejmuje całej należności, to sprzedawca po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi ma obowiązek wystawić fakturę VAT, w której wartość wydanego towaru lub wykonanej usługi jest pomniejszona o wartość otrzymanej zaliczki, przy czym zmniejszeniu ulegają również odpowiednio kwoty VAT. W praktyce jednak wielu przedsiębiorców postępuje nieco inaczej.
Przykład
Firma posiada kilka salonów meblowych. Przy składaniu zamówienia na wybrany wyrób klienci najczęściej wpłacają zaliczkę.
W momencie wydania zamówionych przez klienta mebli program komputerowy najpierw wystawia fakturę korygującą wartość otrzymanej zaliczki a potem fakturę VAT na całą wartość dostawy