Najprostszym zabiegiem byłoby pominięcie wystawionej faktury wewnętrznej w rejestrach VAT i skorygowanie deklaracji. Takie usunięcie faktury z rejestru byłoby równoważne z „anulowaniem faktury wewnętrznej”. Czy jest jednak dopuszczalne? Jakkolwiek przepisy nie wspominają nic o anulowaniu faktur, to zarówno sądy, jak i organy podatkowe na to pozwalają. Stawiany jest jednak jeden warunek. Anulowanie faktury jest możliwe, jeśli nie została ona dopuszczona do obiegu gospodarczego. Wydawałoby się, że faktura wewnętrzna do obiegu nie została przekazana, ponieważ nie otrzymał jej żaden kontrahent.
Analizą tego problemu zajął się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z 28 lutego 2008 r. (III SA/Wa 1940/07). Zdaniem sądu faktura wewnętrzna błędnie wystawiona, ale ujęta już w rejestrach VAT i rozliczona w deklaracji została do takiego obiegu dopuszczona. Zatem anulowanie takiej faktury jest nieprawidłowe. Aby usunąć pomyłkę, należy wystawić fakturę korygującą do zera błędnie wystawioną fakturę wewnętrzną. Trzeba ją rozliczyć w okresie, w którym ujęto fakturę pierwotną.
Autor jest doradcą podatkowym w Kancelarii Doradztwa Podatkowego Pama s.c.