Niestety, za wydane przez fiskusa zaświadczenie podatnik w niektórych sytuacjach będzie musiał zapłacić. Przepisy ustawy o opłacie skarbowej mówią, że podlega jej m.in. wydanie zaświadczenia na wniosek (a tak jest w tym wypadku). Obowiązek zapłaty opłaty skarbowej powstaje z chwilą złożenia wniosku o jego wydanie. Opłata wpłacana jest w kasie organu podatkowego (urzędu gminy, bo opłata skarbowa stanowi dochód gmin) lub przelewem na jego rachunek. Za zaświadczenie o niezaleganiu w podatkach lub stwierdzające stan zaległości podatnik musi zapłacić 21 zł, i to od każdego egzemplarza.