Obie formy rozliczania wywołują taki sam skutek ekonomiczny: wynajmujący otrzymuje kwotę czynszu wraz z kosztami dodatkowymi. Różne będą jednak ich skutki podatkowe.
W umowie najmu w praktyce odrębnie określona jest kwota stała – czynsz, oraz kwota zmienna, uzależniona od faktycznego zużycia (będą to pozostałe koszty użytkowania lokalu, w tym media: energia elektryczna, cieplna, woda). Niekiedy strony umowy dodatkowo umawiają się na przeniesienie na najemcę wartości podatku od nieruchomości czy też użytkowania wieczystego.
Koszty te można przenieść na dwa sposoby: mogą one zwiększyć wartość czynszu lub być przenoszone na najemcę za pomocą refaktury. Ważne jednak, by sposób rozliczenia przyjęty przez umawiające się strony był zawarty w umowie najmu.
Wybierając metodę zwiększenia kwoty czynszu o dodatkowe opłaty, w umowie trzeba wskazać, że zarówno opłata za najem powierzchni, jak i koszty dodatkowe składają się na kwotę czynszu najmu. Musimy oczywiście precyzyjnie wskazać, jakie koszty obejmuje czynsz (opłata za energię elektryczną, podatek od nieruchomości, użytkowanie wieczyste) oraz jak te elementy będą obliczane (np. szacunkowo do powierzchni najmu).
W takiej sytuacji koszty dodatkowe będą opodatkowane stawką VAT właściwą dla samej usługi najmu 22 proc., chyba że najemcą jest osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej. Wtedy wystarczy nota księgowa lub rachunek, bo najem lokali mieszkalnych jest zwolniony z VAT.