W październiku 2015 r. spółka wystąpiła o wykładnię ustawy o CIT w zakresie kosztów. Wyjaśniła, że w latach 2007 i 2008 kupiła kombajny zbożowe. Od momentu nabycia do roku podatkowego trwającego do 1 lipca 2009 r. do 30 czerwca 2010 r. kombajny były wykorzystywane głównie do prowadzenia działalności rolniczej w rozumieniu art. 2 ust. 2 ustawy o CIT . Poza tym częściowo były wykorzystywane do świadczenia usług rolniczych na rzecz podmiotów zewnętrznych. Później kombajny były wykorzystywane wyłącznie do prowadzenia działalności rolniczej, z której przychody nie podlegają opodatkowaniu CIT. W związku z tym spółka nie rozliczała już od nich odpisów amortyzacyjnych. Podatniczka tłumaczyła dalej, że w roku podatkowym trwającym od 1 lipca 2014 r. do 30 czerwca 2015 r. sprzedała kombajny, uzyskując z tego tytułu przychód podlegający opodatkowaniu CIT. Zapytała jak powinna ustalić koszty uzyskania przychodów z tej transakcji. Sama uważała, że powinna w nich uwzględnić wydatki poniesione na nabycie maszyn, pomniejszone o wartość odpisów amortyzacyjnych rozpoznanych wcześniej jako koszt ze świadczenia usług rolniczych.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Przypomniał, że zgodnie z generalną zasadą podatnik rozpoczyna rozliczanie odpisów amortyzacyjnych od wartości początkowej danego składnika majątkowego począwszy od pierwszego miesiąca następującego po miesiącu, w którym ten składnik wprowadził do ewidencji. W ocenie organu, w przypadku zbycia kombajnów zbożowych spółka powinna uwzględnić w kosztach wydatki na ich nabycie. Wydatki te należy pomniejszyć o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 16h ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT. Przy czym odpisy te, niezależnie od tego, czy środki trwałe były użytkowane również w działalności rolniczej, powinny być uwzględniane w kosztach podatkowych w całości.
Spółka zaskarżyła interpretację, ale Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie nie przyznał jej racji. Zauważył, że spór w sprawie sprowadza się do tego, czy spółka prawidłowo rozlicza koszty uzyskania przychodów w związku ze zbyciem środka trwałego, który był wykorzystywany głównie do prowadzenia działalności rolniczej i częściowo do świadczenia usług rolniczych na rzecz podmiotów zewnętrznych.
Po analizie przepisów sąd zgodził się z fiskusem, że w przypadku skarżącej spółki – na podstawie art. 16a ust. 1 ustawy o CIT – odpisy amortyzacyjne powinny być uwzględniane w kosztach podatkowych w całości, niezależnie od tego, czy środki trwałe były użytkowane również w działalności rolniczej.
Wydatki na nabycie kombajnów spółka powinna pomniejszyć o wartość odpisów amortyzacyjnych dokonanych zgodnie z art. 16h ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, a nie – jak twierdziła – wyłącznie o wartość odpisów amortyzacyjnych rozpoznanych wcześniej jako koszt uzyskania przychodów ze świadczenia usług rolniczych.