Ważne zmiany wprowadzone w rozdziale 9 o.p. dotyczącym nadpłat polegają na rozdzieleniu postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty od wszczynanego z urzędu postępowania w sprawie określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 o.p. W uzasadnieniu do nowelizacji zauważono bowiem, że orzecznictwo sądowe w ostatnich latach wiązało w coraz większym stopniu postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty z postępowaniem w sprawie określenia wysokości zobowiązania wszczynanym z urzędu. Za konieczne uznano zatem wprowadzenie zmian przywracających pierwotny zamysł ustawodawcy szybkiego, ale ograniczonego przedmiotowo postępowania funkcjonującego niezależnie od pełnego postępowania „wymiarowego".