Sposób prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów oraz dokumentowania znajdujących się w niej zapisów określa rozporządzenie ministra finansów z 26 sierpnia 2003 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów (tekst jedn. DzU z 2014 r., poz. 1037).
Jedynie z objaśnień dotyczących sposobu prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów wynika, że kolumna 1 księgi oznaczona Lp. jest przeznaczona do wpisania kolejnego numeru zapisu do księgi, i że tym samym numerem należy oznaczyć dowód będący podstawą zapisu.
W praktyce dopuszcza się stosowanie dwojakiego rodzaju zapisów numerów zdarzeń w podatkowej księdze przychodów i rozchodów >patrz tabela.
Jak wyjaśniła Izba Skarbowa w Poznaniu w interpretacji z 5 sierpnia 2011 r. (ILPB1/415-676/11-2/AG) „(...) W praktyce każdy podatnik ustala własny system numerowania w podatkowej księdze. Istotne jest jednak to, aby pozycje były numerowane po kolei i aby numery te nie powtarzały się, tzn. nie może istnieć więcej niż jedna pozycja oznaczona tym samym numerem. Najczęściej stosowana przez podatników jest numeracja roczna. Polega ona na tym, że od 1 stycznia lub od dnia rozpoczęcia działalności w trakcie roku podatkowego numerację dowodów księgowych zapisanych w księdze rozpoczyna się od cyfry 1 i kolejne numery pozycji nadaje się do końca każdego roku podatkowego lub do dnia likwidacji działalności w trakcie roku podatkowego. Każdy kolejny rok rozpoczyna się nową numeracją. Numerację można również rozpoczynać od nowa w każdym miesiącu. Wtedy wskazane jest jednak wprowadzenie jakiegoś rozróżnienia numeracji pozycji stosowanej w poszczególnych miesiącach, tak by numery się nie powtarzały. Dowody księgowe można wówczas oznaczać kolejnym numerem pozycji i oznaczeniem miesiąca, tj. łamać przez miesiąc, np. w czerwcu 1/06, 2/06, w lipcu 1/07, 2/07 itd. Wybraną numerację powinno się kontynuować przez cały rok. Ewentualnej zmiany sposobu stosowanej numeracji najlepiej dokonać wraz z nowym rokiem podatkowym. Dowód księgowy, na podstawie którego dokonano zapisu w podatkowej księdze, należy oznaczyć tym samym numerem, pod którym dowód ten wpisano do księgi. Ma to na celu ułatwienie odszukiwania i przyporządkowywania dokumentu do zapisu i odwrotnie (...)".
