Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku korzystnie zinterpretował przepisy o odliczeniu VAT w związku z zakupami od tzw. rolników ryczałtowych.

Są nimi rolnicy sprzedający pochodzące z własnych gospodarstw produkty rolne korzystające ze zwolnienia z VAT. Przysługuje im zryczałtowany zwrot VAT, przekazywany im przez podatników VAT kupujących ich produkty. To nabywca, a nie sprzedawca, jak jest zwykle, wystawia fakturę (RR), na której wykazuje m.in. kwotę zryczałtowanego zwrotu VAT przekazywaną rolnikowi. Ten nie odlicza sam podatku naliczonego od swoich zakupów, a zamiast tego otrzymuje od swoich kontrahentów ryczałt w wysokości 7 proc. wartości sprzedaży. Kwota ta jest u nabywców wykazywana jako zmniejszający należność wobec fiskusa podatek naliczony.

Zryczałtowany zwrot jest u nabywcy podatkiem naliczonym w rozliczeniu za miesiąc lub kwartał dokonania zapłaty, pod warunkiem przekazania jej na rachunek bankowy rolnika w terminie 14 dni od zakupu albo innym przewidzianym w  umowie. Tak właśnie wynika z art. 116 ust. 6 pkt 2 ustawy o VAT.

Producent oleju rzepakowego popadł w tarapaty finansowe i nie zapłacił za nasiona rzepaku w terminie. Zawarł z rolnikami umowy odkładające w czasie termin płatności, ale w większości również ich nie udało mu się dochować.

Pomimo to uznał, że kwotę ryczałtu wypłaconą rolnikom może odliczyć od VAT należnego. Ustawowe ograniczenie narusza wynikające z unijnego prawa zasady neutralności VAT, by konsument, a nie przedsiębiorca ponosił jego ciężar, i proporcjonalności, zakładające podejmowanie środków stosownych do celu, jakim jest zapewnienie sprawnego zwrotu VAT rolnikom.

Izba skarbowa nie zgodziła się z podatnikiem, ale jej stanowisko uchylił WSA.

Sąd zgodził się, że przepis ustawy o VAT narusza podstawowe standardy, o których mowa powyżej. Wobec tego należy go rozumieć w ten sposób, że nie pozbawia dokonującego spóźnionej zapłaty przedsiębiorcy prawa do odzyskania przekazanego rolnikowi zryczałtowanego zwrotu VAT.