Może się zdarzyć, że środki pieniężne zostały (na podstawie nakazu zapłaty) zajęte przez komornika sądowego ?i przekazane do depozytu sądowego. W takim przypadku dłużnik nie wpłacił należności dobrowolnie do depozytu, lecz zostały one zabezpieczone w toku czynności egzekucyjnych. W tej sytuacji przekazane do depozytu sądowego kwoty nie pozostają jednak do dyspozycji wierzyciela.

Zgodnie z § 17 ust. 1 rozporządzenia ministra sprawiedliwości z 19 grudnia 2012 r. w sprawie szczegółowych zasad prowadzenia gospodarki finansowej i działalności inwestycyjnej sądów powszechnych, sumy depozytowe są to przechowywane przez sądy obce środki pieniężne, w szczególności kaucje, wadia oraz sumy stanowiące przedmiot sporu, otrzymane w związku z postępowaniem sądowym. W myśl § 17 ust. 2 ww. rozporządzenia, sumy depozytowe składane w związku z postępowaniem karnym, w sprawach ?o przestępstwa skarbowe ?i wykroczenia skarbowe, cywilnym oraz w sprawach ?o wykroczenia w wypadku konieczności zachowania konkretnych egzemplarzy środków pieniężnych sądy przekazują do przechowywania bankom w postaci depozytu zamkniętego.

Natomiast, na podstawie art. 492 § 1 kodeksu postępowania cywilnego, nakaz zapłaty z chwilą wydania stanowi tytuł zabezpieczenia, wykonalny bez nadawania mu klauzuli wykonalności. Kwota zasądzona nakazem wraz ?z wymagalnymi odsetkami stanowi sumę, której złożenie przez dłużnika do depozytu sądowego wystarczy do zabezpieczenia. Jeżeli nakaz zobowiązuje do wydania rzeczy zamiennych, to do zabezpieczenia wystarczy złożenie sumy równej wartości przedmiotu sporu. Firma, która uzyska nakaz zapłaty w postępowaniu nakazowym, może zatem niezwłocznie wystąpić do komornika z wnioskiem ?o zabezpieczenie roszczenia. Wówczas dłużnik nie reguluje należności, lecz jest ona zabezpieczona w toku czynności egzekucyjnych poprzez złożone do depozytu sądowego. Należność ta nie jest postawiona do dyspozycji sprzedawcy, a tym samym nie może być traktowana jako uregulowanie należności w jakiejkolwiek formie.

W konsekwencji (po spełnieniu pozostałych warunków określonych ustawą o VAT) zastosowanie znajdą w takim przypadku przepisy dotyczące nieściągalnych wierzytelności. Oznacza to, że wierzyciel może skorygować podatek należny, a dłużnik jest zobowiązany pomniejszyć podatek naliczony. Potwierdziła to Izba Skarbowa w Poznaniu w interpretacji z 6 maja 2009 r. (ILPP2/443-191/09-4/MR). Organ podatkowy wskazał, że w przypadku nakazu zapłaty w postępowaniu nakazowym trudno mówić o uregulowaniu należności, gdyż w tej sytuacji dłużnik nie wpłacił spornej należności do depozytu, lecz została ona zabezpieczona ?w toku czynności egzekucyjnych. Zatem nie można uznać, że złożenie do depozytu sądowego wywołuje takie same skutki jak spełnienie świadczenia i stanowi uregulowanie należności w jakiejkolwiek formie.