Na podstawie art. 87 ust. 6 in fine ustawy o VAT do przyspieszonego zwrotu podatku stosuje się odpowiednio art. 87 ust. 2 zdanie drugie i trzecie, a ust. 2a, 4a-4f ustawy o VAT stosuje się odpowiednio. Oznacza to, że jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, to naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej.
Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, to urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Jednak w przypadku wydłużenia terminu zwrotu, urząd skarbowy na wniosek podatnika dokonuje zwrotu różnicy podatku w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, jeżeli podatnik wraz z wnioskiem złoży w urzędzie skarbowym zabezpieczenie majątkowe (złożone w formie i trybie określonym w art. 87 ust. 4a –4f ustawy o VAT) w kwocie odpowiadającej kwocie wnioskowanego zwrotu podatku. Jeżeli wniosek wraz z zabezpieczeniem został złożony na 13 dni przed upływem terminu do przyspieszonego zwrotu podatku lub później, to zwrotu dokonuje się w terminie 14 dni od dnia złożenia tego zabezpieczenia.
—Marcin Szymankiewicz, doradca podatkowy
