W polskiej ustawie o VAT jest kilka przepisów, o których sądy orzekły, że są niezgodne z prawem europejskim.
Niestety, nie przekłada się to na prawa ogółu podatników. To dlatego, że wyroki są wiążące tylko w konkretnych sprawach. Nie są natomiast uwzględniane przez ustawodawcę przy przygotowaniu nowelizacji ustawy o VAT. Podatnicy muszą więc walczyć o swoje prawa przed sądem. Na szczęście instytucja interpretacji podatkowych pozwala robić to bez ryzyka i nadmiernych kosztów. Wystarczy zadać pytanie o przepis, którego zgodność z prawem wspólnotowym została już zakwestionowana. Po otrzymaniu niekorzystnej odpowiedzi (co jest niemal pewne) trzeba wezwać ministra finansów do usunięcia naruszenia prawa. Następny krok to już skarga do sądu, który najprawdopodobniej przyzna rację podatnikowi.
Ostatni interesujący wyrok dotyczący niezgodności polskich przepisów VAT z prawem wspólnotowym to orzeczenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 30 kwietnia 2008 r. (sygn. 173/08). Sąd stwierdził w nim, że uzależnianie prawa do obniżenia podatku należnego o naliczony od przepisów o podatku dochodowym jest niezgodne z dyrektywą w sprawie VAT. Co prawda sprawa dotyczyła zaniechanej inwestycji, ale wyrok ten jest istotny także w innych sytuacjach. Przede wszystkim chodzi o wydatki na reprezentację, które od 1 stycznia 2007 r. nie są w ogóle zaliczane do kosztów. Z uzasadnienia tego wyroku wynika, że nie pozbawia to prawa do odliczania podatku naliczonego.
Kolejny problem to ograniczenia w odliczaniu VAT od paliwa do samochodów niespełniających tzw. wzoru Lisaka, wprowadzone od 1 maja 2004 r. Wyroki potwierdzają, że są niezgodne z prawem unijnym i nie powinny być stosowane. Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z 4 kwietnia 2007 r. (I SA/ Wr 1852/06) oraz WSA w Warszawie (oddział zamiejscowy w Radomiu) w orzeczeniu z 20 czerwca 2007 r. (sygn. VIII SA/Wa 324/07). Jest więc bardzo prawdopodobne, że kolejne firmy występujące o interpretację także uzyskają korzystne dla nich rozstrzygnięcie. To jednak nie wszystko. Wydaje się bowiem, że osoba, która kupuje samochód uprawniający przed 1 maja 2004 r. do pełnego odliczenia VAT może z tego prawa skorzystać także dziś (bez względu na obecne przepisy). Takie wnioski można wyciągnąć z uzasadnień do wymienionych orzeczeń.
Kolejny istotny dla wielu firm problem dotyczy faktury korygującej. Zgodnie z § 16 ust. 4 rozporządzenia ministra finansów z 25 maja 2005 r. (DzU nr 95, poz. 798) dopiero gdy kontrahent potwierdzi, że ją otrzymał, podatnik może obniżyć VAT należny. Przepis ten jest sprzeczny z ustawą zasadniczą, co potwierdził Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 11 grudnia 2007 r. (sygn. U 6/06). Formalnie jednak wciąż obowiązuje, ponieważ Trybunał dał rok na jego poprawę. Rozpatrując jednak wnioski o interpretacje, sądy już nie biorą go pod uwagę, bo według konstytucji sędziowie w sprawowaniu swojego urzędu są niezawiśli i podlegają tylko konstytucji oraz ustawom (wyrok WSA w Warszawie 26 marca 2008 r., sygn. III SA/Wa 30/08).
