Potwierdził to Sąd Najwyższy w wyroku z 9 stycznia 2008 r. (I CSK 393/07). W myśl art. 87 ust. 7 ustawy o VAT różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w określonych w tym przepisie terminach traktuje się jako nadpłatę podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów ordynacji podatkowej.
Przedsiębiorca domagał się od Skarbu Państwa odszkodowania za szkody wyrządzone mu błędną decyzją odmawiającą zwrotu VAT. Na skutek odmowy znalazł się w trudnej sytuacji. Przestał spłacać długi, które w innej sytuacji uregulowałby z pieniędzy należnych od urzędu skarbowego. Komornik wszczął egzekucję na żądanie wierzycieli i za pół ceny sprzedał należące do podatnika towary.
W całym procesie wysokość szkody oraz jej związek przyczynowy ze zdarzeniem, które ją wyrządziło (w tym wypadku błędną decyzją), udowodnić musiał poszkodowany (art. 6 kodeksu cywilnego).
Sąd I instancji oddalił żądanie przedsiębiorcy. Stwierdził, że odszkodowanie mu nie przysługuje, bo wraz ze zwrotem VAT otrzymał – na podstawie art. 78 ordynacji podatkowej (op) – odsetki od nadpłaty w wysokości równej odsetkom za zwłokę pobieranym od zaległości podatkowych. Otrzymane odsetki były wyższe niż wykazana szkoda.
Wyrok ten zmienił sąd II instancji, który przyznał przedsiębiorcy odszkodowanie. Sąd przyjął, że odsetki od nadpłaty nie podlegają zaliczeniu na poczet odszkodowania za szkodę wyrządzoną zwłoką w ich zapłacie. Powołał się na art. 481 k.c., według którego, jeśli dłużnik spóźnia się z zapłatą należności (ze spełnieniem świadczenia pieniężnego), wierzyciel może żądać odsetek za czas opóźnienia, chociażby nie poniósł żadnej szkody i opóźnienie było następstwem okoliczności, za które dłużnik odpowiedzialności nie ponosi. Odsetki należą się zatem niezależnie od ewentualnego odszkodowania za szkodę wyrządzoną zwłoką.