Klasyfikacja ta ma zasadnicze znaczenie dla podatników VAT i akcyzy. Do zawartych w niej symboli statystycznych przyporządkowane są bowiem konkretne stawki tych podatków. Posługują się nimi również urzędy skarbowe, weryfikując ciążące na przedsiębiorcach zobowiązanie wobec fiskusa.
Historia zmian Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług jest dość skomplikowana. Do 31 grudnia 2007 r. ma zastosowanie do celów podatkowych tak zwana stara klasyfikacja z 18 marca 1997 r. Wprawdzie od 1 maja 2004 r. została ona zastąpiona nową, ale jej stosowanie ograniczono wyłącznie do celów statystycznych, ewidencyjnych, dokumentacyjnych i rachunkowości. Tymczasem do celów VAT i akcyzy, mocą kolejnych rozporządzeń Rady Ministrów (najpierw z 6 kwietnia 2004 r., a potem z 22 grudnia 2006 r.), przedłużano stosowanie starej klasyfikacji sprzed 1 maja 2004 r. Teraz stało się tak po raz kolejny. W projekcie rozporządzenia Rady Ministrów zapisano bowiem przedłużenie stosowania do celów VAT i akcyzy starej klasyfikacji, ale nie dłużej niż do 31 grudnia 2009 r.
Jeśliby takiego przedłużenia zabrakło, to niezbędne byłoby znowelizowanie jeszcze w tym roku ustawy o VAT. To jest jednak nierealne, zwłaszcza że jej nowy projekt, autorstwa Platformy Obywatelskiej, jeszcze nawet nie trafił do Sejmu. Co więcej, w 2008 r. mają być opracowane nowe klasyfikacje statystyczne, w tym PKWiU.
Gdyby zatem obecnie wprowadzić do systemu podatkowego klasyfikację obowiązującą m.in. do celów rachunkowości od 1 maja 2004 roku, to wkrótce okazałoby się, że ponownie trzeba to zmieniać, co bardzo utrudniłoby życie podatnikom. I tak już nie brakuje sporów na tle klasyfikacji statystycznych, które docierają aż do sądów administracyjnych.