Tak.

Zwłaszcza że na fakturze są jeszcze inne – poza nazwą – elementy, które identyfikują podatnika, w tym przede wszystkim jego NIP. Oczywiście lepiej używać na fakturze nazwy spółki wskazanej w KRS, ale jeśli skrót umieszczony jest chociażby w umowie spółki, to użycie go na fakturze nie powinno być przyczyną problemów.