Pierwsze z uprawnień (w rzeczywistości jeszcze przedkontrolnych) określa art. 281a op. Mówi on, że podatnicy mogą, w formie pisemnej, wyznaczyć osobę fizyczną, która będzie upoważniona do ich reprezentowania w trakcie kontroli podatkowej. Taką osobę trzeba zgłosić do urzędu skarbowego właściwego w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym. Przepis ten wprowadza zatem instytucję stałego przedstawiciela do spraw kontroli podatkowej. Ustanowienie takiego przedstawiciela może być korzystne dla podatnika, gdyż nie musi on wówczas uczestniczyć we wszystkich czynnościach kontrolnych. W takim wypadku upoważnienie do wszczęcia kontroli należy okazać właśnie przedstawicielowi.
W trakcie kontroli podatkowej można zastosować przepisy dotyczące wyłączenia pracownika urzędu skarbowego. W szczególności jego bezpośredni przełożeni mają taki obowiązek, jeżeli uprawdopodobnione zostaną okoliczności, które mogą wywołać wątpliwości co do bezstronności kontrolującego. Wniosek o wyłączenie takiego pracownika może złożyć kontrolowany.
Najważniejsze uprawnienia kontrolowanego wynikają z przepisów o postępowaniu dowodowym. Przepisy ordynacji podatkowej zakładają otwarty katalog dowodów. Oznacza to, że jako dowód należy dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. Wśród dowodów największe znaczenie mają księgi podatkowe. W kontroli mogą być powoływane również inne dowody, w tym np. deklaracje złożone przez stronę, zeznania świadków, opinie biegłych, materiały i informacje zebrane w wyniku oględzin, informacje podatkowe oraz inne dokumenty zgromadzone w toku czynności sprawdzających lub kontroli podatkowej (np. umowy cywilnoprawne zawarte przez podatnika). Mogą to być też materiały zgromadzone w toku postępowania karnego albo postępowania w sprawach o przestępstwa lub wykroczenia skarbowe.
Kontrolujący muszą uwzględnić żądania strony dotyczące przeprowadzenia dowodu, jeżeli chodzi o okoliczności mające znaczenie dla sprawy (chyba że są stwierdzone wystarczająco innym dowodem). W orzecznictwie sądowym wskazuje się m.in., że organ podatkowy może nie dać wiary świadkom, ale nie wolno mu dezawuować ich bez przesłuchania. Skoro zatem wniosek dowodowy dotyczący istotnych okoliczności sprawy zostanie złożony w toku postępowania, to organ nie może go nie uwzględnić, jeśli związane z nim okoliczności nie zostały stwierdzone za pomocą innych dowodów. Ponadto, jeżeli strona zgłasza dowód, wówczas organ podatkowy może nie uwzględnić wniosku, gdy żądanie dotyczy tezy już stwierdzonej na jej korzyść. Jeżeli jednak podatnik wskazuje istotny dowód na odmienną tezę, to powinien być dopuszczony.
Gdy kontrolujący odmówią przeprowadzenia dowodu, o który podatnik wnioskował w trakcie kontroli, będzie mógł to wskazać w zastrzeżeniach do protokołu z kontroli.
Ordynacja podatkowa wskazuje na pewne uprawnienia kontrolowanego dotyczące dowodów z zeznań świadków, opinii biegłych lub oględzin. Kontrolujący powinien być zawiadomiony o miejscu i terminie przeprowadzenia takich dowodów. Kontrolowanego, osobę go reprezentującą lub jego przedstawiciela zawiadamia się o miejscu i terminie przeprowadzenia dowodu z zeznań świadków i opinii biegłych przynajmniej trzy dni wcześniej. W razie przeprowadzenia dowodu z oględzin - nie później niż bezpośrednio przed podjęciem tych czynności. Zasady tej nie stosuje się, jeżeli kontrolowany (lub jego przedstawiciel) jest nieobecny, a okoliczności sprawy uzasadniają natychmiastowe przeprowadzenie dowodu.
Podatnik ma prawo uczestniczyć w przeprowadzaniu dowodu, może zadawać pytania świadkom i biegłym oraz składać wyjaśnienia.
W trakcie kontroli może też zostać przesłuchany. Jednak wymaga to jego zgody. Może zatem odmówić przeprowadzenia takiego dowodu. Dowody z zeznań stron mogą być uwzględnione tylko do wyjaśnienia wątpliwości związanej z treścią istniejącego dowodu źródłowego. Nie mogą one zatem prowadzić do zmiany treści dokumentów.
Jednym z ważniejszych uprawnień kontrolowanego jest prawo do uczestniczenia we wszystkich czynnościach kontrolnych. Dokonuje się ich w obecności kontrolowanego lub wskazanej przez niego osoby. Podatnik może oczywiście zrezygnować z uczestnictwa. W tym celu składa na piśmie oświadczenie.
Jeżeli kontrolowanym jest osoba prawna lub jednostka organizacyjna, czynności kontrolnych dokonuje się w obecności osób upoważnionych.
Przebieg kontroli dokumentowany jest w protokole. Ma on bardzo duże znaczenie w ewentualnym późniejszym postępowaniu podatkowym. Powinny być w nim bowiem zebrane wszystkie fakty ustalone w trakcie postępowania kontrolnego. Ponadto, od 1 stycznia br., protokół powinien zawierać ocenę prawną sprawy będącej przedmiotem kontroli. Bardzo istotne jest zatem uprawnienie kontrolowanego do złożenia tzw. zastrzeżeń do protokołu.
Jak mówi art. 291 § 1 op, kontrolowany, który nie zgadza się z ustaleniami protokołu, może w terminie 14 dni od jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe. Podatnik powinien zatem wskazać na te wszystkie ustalenia organu podatkowego, z którymi się nie zgadza. W zastrzeżeniach można zgłosić ewentualne wnioski dowodowe, w tym dowody, których kontrolujący nie chciał uwzględnić.Ponadto podatnik może ustosunkować się do oceny prawnej sprawy przedstawionej w protokole.
Złożenie wyjaśnień lub zastrzeżeń do protokołu jest szczególnie istotne wtedy, gdy w postępowaniu kontrolnym istnieją wątpliwości co do oceny i ustalenia stanu faktycznego w sprawie. Zgodnie z art. 291 § 3 op w razie niezłożenia wyjaśnień lub zastrzeżeń przyjmuje się, że podatnik nie kwestionuje ustaleń kontroli. Wskazane byłoby zatem, by wszystkie możliwe dowody dotyczące sprawy były powoływane najpóźniej w wyjaśnieniach lub zastrzeżeniach do protokołu z kontroli.
Kontrolujący jest obowiązany rozpatrzyć zastrzeżenia i w terminie 14 dni zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia.
- żądania wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli,
- wstępu do budynków, lokali lub innych pomieszczeń, a w określonych przypadkach także do mieszkania kontrolowanego,
- żądania okazania majątku i umożliwienia jego oględzin,
- żądania udostępnienia akt, ksiąg i dokumentów (oraz innych materiałów) związanych z kontrolą, sporządzania z nich odpisów, kopii, wyciągów, notatek, wydruków i pobierania danych w formie elektronicznej oraz wydania ich za pokwitowaniem,
- dostępu do ksiąg w siedzibie kontrolowanego albo w miejscu ich prowadzenia lub przechowywania,
- legitymowania,
- żądania złożenia oświadczenia o majątku kontrolowanego,
- zabezpieczania zebranych dowodów,
- żądania przeprowadzenia spisu z natury,
- przesłuchiwania kontrolowanego, osób upoważnionych do reprezentowania lub prowadzenia jego spraw, pracowników, współpracowników i świadków,
- korzystania z opinii biegłych,
- przeglądania akt postępowania przygotowawczego i sądowego, akt spraw sądowych, dokumentów zawierających informacje stanowiące tajemnicę państwową, służbową lub zawodową oraz sporządzania z nich notatek i odpisów,
- wstępu na teren kontrolowanego i poruszania się po nim bez przepustki (na podstawie legitymacji służbowej) i bez obowiązku poddania się rewizji osobistej (z zachowaniem jednak zasad bezpieczeństwa i higieny pracy),
- żądania wydania próbek towarów,
- korzystania z pomocy policji, straży miejskiej lub granicznej.
