W przesłanym do redakcji piśmie MF nie odniosło się do skutków tej zmiany dla podatników PIT. Ale będą one takie same jak dla osób prawnych. Odpowiednikiem pierwszego z powołanych przepisów jest art. 21 ust. 1 pkt 129 updof, który zwalnia z podatku dotacje otrzymane z budżetu państwa lub budżetu jednostki samorządu terytorialnego. Odpowiednikiem drugiego jest natomiast art.21 ust.1 pkt47c updof, zwalniający z podatku kwoty otrzymane z agencji rządowych, jeżeli agencje otrzymały środki na ten cel z budżetu państwa.
Ministerialne pismo nie wyjaśnia, jak traktować środki z nowych programów przeznaczone na inwestycje - czy nadal dla osób prawnych nie jest to w ogóle przychód podatkowy, czy też należy uznać je za przychód wolny od podatku. Na pierwszy rzut oka nie ma żadnej różnicy - podatkowe skutki są identyczne (amortyzacja kupionych za te pieniądze czy wytworzonych środków trwałych nie będzie kosztem podatkowym). Ale podatnicy podatku dochodowego od osób prawnych przychód zwolniony muszą wykazać w zeznaniu rocznym. Takich wątpliwości nie mają podatnicy PIT. Z art.14 ust.2 pkt2 wynika wyraźnie, że nie są przychodem podatkowym dotacje otrzymane na zakup lub wytworzenie we własnym zakresie środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji.
Art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych i art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych zwalniają z podatku dochodowego środki pomocowe od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych i międzynarodowych instytucji finansowych.
Ministerstwo Finansów uznało, że zwolnienie to nie dotyczy środków z funduszy strukturalnych. Te pochodzą co prawda z budżetu Unii Europejskiej i są środkami publicznymi, ale trzeba wziąć pod uwagę złożoną strukturę organizacyjną i proceduralną udzielania pomocy, co wiąże się ze skomplikowanym systemem przepływów finansowych. System ten powoduje, że w większości przypadków środki finansowe są prefinansowane z budżetu państwa.
Według MF beneficjent pomocy otrzymuje zatem środki pożyczone z budżetu państwa, a nie pochodzące wprost z bezzwrotnej pomocy sfinansowanej z budżetu Unii Europejskiej (a tylko takie pochodzenie warunkuje zwolnienie na podstawie powołanych przepisów).
Ponieważ środki pomocowe przeznaczone na realizację projektów objętych Narodowym Planem Rozwoju będą finansowane według zasad określonych w przepisach ustawy o finansach publicznych w brzmieniu obowiązującym do końca 2006 r. (które nie uznawały tych środków za dotacje), nie będą one również korzystały ze zwolnień podatkowych przewidzianych dla dotacji z budżetu państwa i kwot pochodzących z agencji rządowych (bo to zarezerwowane jest wyłącznie dla dotacji w rozumieniu ustawy o finansach publicznych).