W razie bowiem stwierdzenia, że transakcja nie jest opodatkowana VAT, konieczne jest uiszczenie podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC). Znaczenie może mieć tutaj to, czy podatnik wynajmował wcześniej te nieruchomości lub czy posiadał prawo do odliczania VAT od wydatków związanych z ich budową.
O wyłączeniu z opodatkowania PCC nie decyduje to, że strony tej umowy posiadają status podatnika podatku od towarów i usług, lecz wyłącznie to, czy z tytułu tej transakcji powstanie obowiązek rozliczenia VAT przez jedną ze stron.
Gdy zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu wraz z posadowionymi na nim budynkami czy budowlami będzie opodatkowane VAT, transakcja ta zostanie wyłączona z PCC na podstawie art. 2 pkt 4 lit. a) ustawy o PCC. Natomiast gdy będzie korzystało ze zwolnienia z tego podatku, będzie podlegało PCC.
Jak dostawa
Dla celów VAT zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu traktowane jest jako odpłatna dostawa towarów. Wynika to wprost z art. 7 ust. 1 pkt 7 w związku z pkt 6 ustawy o VAT. Kwestię opodatkowania dostawy gruntu, na którym posadowione zostały budynki lub budowle, rozstrzyga art. 29 ust. 5 ustawy VAT, w myśl którego w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu. Zgodnie z ust. 5a przepisu tego nie stosuje się do czynności oddania w użytkowanie wieczyste gruntu, dokonywanego z równoczesną dostawą budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli. A contrario więc można wyciągnąć wniosek, że ma on jednak zastosowanie w przypadku zbycia prawa wieczystego użytkowania gruntu.
Dodatkowo z § 13 ust. 1 pkt 11 rozporządzenia ministra finansów z 4 kwietnia 2011 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (DzU nr 73, poz. 392 ze zm.) wynika zwolnienie z VAT dla zbycia prawa wieczystego użytkowania gruntu w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli, jeżeli są one zwolnione od podatku.