Jest to istotna różnica między kontrolą podatkową a postępowaniem kontrolnym. Zgodnie bowiem z orzeczeniem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 12 maja 2015 r. (II FSK 907/13): „Rozróżnienie pojęć postępowania kontrolnego i kontroli podatkowej ma o tyle istotne znaczenie, że przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej regulujące uprawnienia przedsiębiorców, w tym odnoszące się do limitu czasu kontroli przedsiębiorców, dotyczą wyłącznie prowadzonej kontroli, w tym kontroli podatkowej, ale nie postępowania kontrolnego. Ustawa o swobodzie działalności gospodarczej, jak wynika z przepisów zamieszczonych w rozdziale 5, wprowadza określone regulacje dotyczące kontroli, a nie postępowania podatkowego".
Bez zbędnej zwłoki
Czas trwania postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej nie jest ściśle limitowany. Co istotne, ze względu na odwołanie w u.k.s. do przepisów ordynacji podatkowej (art. 31 u.k.s.) wskazuje się w (Kandut Krzysztof (red.), Sędkowska Aleksandra (red.), „Ustawa o kontroli skarbowej. Komentarz", wyd. II, 2014, dostępny w Serwisie Informacji Prawnej Lex), że w toku prowadzenia kontroli skarbowej znajdują w tej kwestii zastosowanie przepisy ordynacji podatkowej określające terminy na załatwienie sprawy (dział IV, rozdział 4 „Załatwianie spraw"). W uproszczeniu zatem postępowanie powinno zostać zakończone: bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie miesiąca, a w razie sprawy szczególnie skomplikowanej – nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania (z zastrzeżeniem niewliczania do tego czasu terminów wskazanych w § 4 art. 139 o.p., przykładowo: okresów opóźnień spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu). Zgodnie z orzecznictwem sądów administracyjnych dochowanie tych terminów nie może mieć prymatu nad zasadą wyczerpującego zebrania materiału dowodowego.
W celu zdyscyplinowania organów
W wyroku WSA w Warszawie z 14 marca 2008 r. (III SA/Wa 1921/0) czytamy: „szybkość postępowania nie może być realizowana kosztem wnikliwości, w związku z czym obowiązek działania wnikliwego został wymieniony przez ustawodawcę na pierwszym miejscu". Jednocześnie, dążąc do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, organy kontroli skarbowej mogą przekraczać wyznaczony limit na przeprowadzenie postępowania kontrolnego. Choć organy są obowiązane zasygnalizować kontrolowanemu opóźnienie, podając jego przyczynę i wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 o.p.), to jeżeli organ przeprowadził czynności po upływie terminów wskazanych w art. 139 o.p., są one mimo to skuteczne. Terminy te mają bowiem charakter wyłącznie procesowy i dyscyplinujący organy kontroli skarbowej (Melezini A., „Rygory czasowe postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej", M. Pod. 2010, nr 11, s. 26, za: Kandut Krzysztof (red.), Sędkowska Aleksandra (red.), „Ustawa o kontroli...").
Jeżeli jednak w toku postępowania kontrolnego wszczęta zostanie kontrola podatkowa, to zastosowanie do niej znajdą przepisy o czasie trwania wynikające z u.s.d.g.
