Jest to istotna różnica między kontrolą podatkową a postępowaniem kontrolnym. Zgodnie bowiem z orzeczeniem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 12 maja 2015 r. (II FSK 907/13): „Rozróżnienie pojęć postępowania kontrolnego i kontroli podatkowej ma o tyle istotne znaczenie, że przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej regulujące uprawnienia przedsiębiorców, w tym odnoszące się do limitu czasu kontroli przedsiębiorców, dotyczą wyłącznie prowadzonej kontroli, w tym kontroli podatkowej, ale nie postępowania kontrolnego. Ustawa o swobodzie działalności gospodarczej, jak wynika z przepisów zamieszczonych w rozdziale 5, wprowadza określone regulacje dotyczące kontroli, a nie postępowania podatkowego".