Niedobory towarów zaliczane są do kosztów uzyskania przychodów na podstawie ogólnej definicji zawartej w art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (updof) i art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (updop). W stosunku do aktywów obrotowych przepisy nie przewidują bowiem żadnych regulacji szczególnych.
Niezwykle ważne jest jednak odpowiednie udokumentowanie poniesionych strat oraz ustalenie przyczyny ich powstania. Zagadnienie to szczegółowo omówiła Izba Skarbowa w Poznaniu w interpretacji z 2 października 2007 r. (ILPB3/ 423-13/07-4/MC), gdzie zwróciła uwagę na obowiązki wynikające z art. 9 ust. 1 updop. Mówi on, że podatnicy są zobowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy. Dla większości podatników przepis ten oznacza po prostu konieczność prowadzenia ksiąg zgodnie z ustawą o rachunkowości. Szczególnie ważny jest jej art. 27, w myśl którego zarówno przeprowadzenie, jak i wyniki inwentaryzacji należy odpowiednio udokumentować i powiązać z zapisami ksiąg rachunkowych. Ujawnione w toku inwentaryzacji różnice między stanem rzeczywistym a stanem wykazanym w księgach rachunkowych należy wyjaśnić i rozliczyć w księgach tego roku obrotowego, na który przypadał termin inwentaryzacji (patrz artykuł „Rozliczamy inwentaryzację”).
Do uznania niedoborów za koszt uzyskania przychodów nie wystarczy więc samo stwierdzenie stanu faktycznego posiadanych towarów handlowych (sporządzenie spisu z natury i ustalenie powstałych różnic). Niezbędne jest też przeprowadzenie postępowania wyjaśniającego przyczyny i okoliczności ich powstania. Z dokumentacji powinno wynikać, że ujawniona w trakcie inwentaryzacji strata w towarach powstała mimo dołożenia należytej staranności w celu jej uniknięcia. Stwierdzone niedobory mogą bowiem być zaliczone w ciężar kosztów uzyskania przychodów, jeżeli są niezawinione. Nie są kosztem podatkowym straty powstałe wskutek braku staranności bądź nieracjonalnego działania podatnika, nawet jeśli mieszczą się w normach ustalonych przez daną firmę.
W niektórych branżach sprzedaży detalicznej kradzieże są nie do uniknięcia. Pojawia się więc problem udokumentowania poniesionych w ten sposób strat. Ich poziom jest bowiem ujawniany podczas okresowej inwentaryzacji. Wtedy nie ma już sensu zawiadamiać policji o ujawnionych kradzieżach. Nie ma bowiem żadnych możliwości odnalezienia sprawców.
Na szczęście od pewnego czasu organy podatkowe nie wymagają już w każdych okolicznościach protokołu policji. Potwierdza to interpretacja z 22 maja 2006 r. Izby Skarbowej w Warszawie (1401/PD-4230Z-23/06/ KST). Z pytaniem zwróciła się spółka z o.o., która zajmuje się sprzedażą odzieży w dużych centrach handlowych. Mimo zastosowania zabezpieczeń ponosi straty wynikające z drobnych kradzieży. Ostateczny rozmiar niedoborów ustalany jest dopiero ze spisu przeprowadzanego na koniec roku podatkowego. Dokumenty inwentaryzacyjne szczegółowo identyfikują brakujący towar (nazwa, cena, ilość), a w sporządzonych protokołach wyjaśnione są przyczyny powstania niedoborów. Kradzieże nie są jednak zgłaszane organom ścigania ze względu na upływ czasu i brak możliwości ustalenia ich okoliczności oraz sprawców.