Niedobory towarów zaliczane są do kosztów uzyskania przychodów na podstawie ogólnej definicji zawartej w art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (updof) i art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (updop). W stosunku do aktywów obrotowych przepisy nie przewidują bowiem żadnych regulacji szczególnych.

Niezwykle ważne jest jednak odpowiednie udokumentowanie poniesionych strat oraz ustalenie przyczyny ich powstania. Zagadnienie to szczegółowo omówiła Izba Skarbowa w Poznaniu w interpretacji z 2 października 2007 r. (ILPB3/ 423-13/07-4/MC), gdzie zwróciła uwagę na obowiązki wynikające z art. 9 ust. 1 updop. Mówi on, że podatnicy są zobowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy. Dla większości podatników przepis ten oznacza po prostu konieczność prowadzenia ksiąg zgodnie z ustawą o rachunkowości. Szczególnie ważny jest jej art. 27, w myśl którego zarówno przeprowadzenie, jak i wyniki inwentaryzacji należy odpowiednio udokumentować i powiązać z zapisami ksiąg rachunkowych. Ujawnione w toku inwentaryzacji różnice między stanem rzeczywistym a stanem wykazanym w księgach rachunkowych należy wyjaśnić i rozliczyć w księgach tego roku obrotowego, na który przypadał termin inwentaryzacji (patrz artykuł „Rozliczamy inwentaryzację”).

Do uznania niedoborów za koszt uzyskania przychodów nie wystarczy więc samo stwierdzenie stanu faktycznego posiadanych towarów handlowych (sporządzenie spisu z natury i ustalenie powstałych różnic). Niezbędne jest też przeprowadzenie postępowania wyjaśniającego przyczyny i okoliczności ich powstania. Z dokumentacji powinno wynikać, że ujawniona w trakcie inwentaryzacji strata w towarach powstała mimo dołożenia należytej staranności w celu jej uniknięcia. Stwierdzone niedobory mogą bowiem być zaliczone w ciężar kosztów uzyskania przychodów, jeżeli są niezawinione. Nie są kosztem podatkowym straty powstałe wskutek braku staranności bądź nieracjonalnego działania podatnika, nawet jeśli mieszczą się w normach ustalonych przez daną firmę.

W niektórych branżach sprzedaży detalicznej kradzieże są nie do uniknięcia. Pojawia się więc problem udokumentowania poniesionych w ten sposób strat. Ich poziom jest bowiem ujawniany podczas okresowej inwentaryzacji. Wtedy nie ma już sensu zawiadamiać policji o ujawnionych kradzieżach. Nie ma bowiem żadnych możliwości odnalezienia sprawców.

Na szczęście od pewnego czasu organy podatkowe nie wymagają już w każdych okolicznościach protokołu policji. Potwierdza to interpretacja z 22 maja 2006 r. Izby Skarbowej w Warszawie (1401/PD-4230Z-23/06/ KST). Z pytaniem zwróciła się spółka z o.o., która zajmuje się sprzedażą odzieży w dużych centrach handlowych. Mimo zastosowania zabezpieczeń ponosi straty wynikające z drobnych kradzieży. Ostateczny rozmiar niedoborów ustalany jest dopiero ze spisu przeprowadzanego na koniec roku podatkowego. Dokumenty inwentaryzacyjne szczegółowo identyfikują brakujący towar (nazwa, cena, ilość), a w sporządzonych protokołach wyjaśnione są przyczyny powstania niedoborów. Kradzieże nie są jednak zgłaszane organom ścigania ze względu na upływ czasu i brak możliwości ustalenia ich okoliczności oraz sprawców.

W takiej sytuacji izba skarbowa uznała, że kradzieże nie wynikają z zaniedbań podatnika, ale są nieuniknionym następstwem prowadzonej działalności. Uznała więc, że stwierdzone w wyniku inwentaryzacji i udokumentowane protokołem z inwentaryzacji rzeczywiste straty w środkach obrotowych mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów.

Ujawnione podczas inwentaryzacji nadwyżki towarów należy wykazywać jako przychód, zgodnie z treścią art. 12 ust. 1 pkt 2 updop, czyli jako wartość otrzymanych nieodpłatnie świadczeń. Przepisy o podatku dochodowym nie przewidują bowiem możliwości kompensaty niedoborów i nadwyżek. Nie pozwalają także na zmniejszanie kosztów uzyskania przychodów o wartość stwierdzonych nadwyżek magazynowych.

Firma uznaje za koszty uzyskania przychodu ubytki naturalne mieszczące się w limicie norm zakładowych na dzień przeprowadzenia inwentaryzacji środków obrotowych, stwierdzającej faktyczny niedobór towarów. Niedobory dotyczą okresu wykraczającego poza jeden rok podatkowy. Firma nie ma jednak pewności, czy zasada ta – w związku ze zmianą przepisów dotyczących rozliczania kosztów w czasie (obowiązującą od początku 2007 roku) – jest nadal prawidłowa. Urząd skarbowy potwierdził, że niedobory powinna rozliczać na dotychczasowych zasadach. Art. 15 ust. 4e updop mówi, że za moment poniesienia kosztu uzyskania przychodów uważa się dzień, na który:

- ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury (rachunku) albo

- ujęto koszt na podstawie innego dowodu wobec braku faktury, z wyjątkiem sytuacji, gdy dotyczyłoby to ujętych jako koszty rezerw albo biernych rozliczeń międzyokresowych kosztów.

Ponieważ nie są tworzone rezerwy na poczet przyszłych ubytków naturalnych, dowodem będącym podstawą wpisu do ksiąg rachunkowych jest wyliczenie ubytków dokonane na dzień inwentaryzacji. Dlatego powinny być one zaliczane do kosztów na dzień przeprowadzenia inwentaryzacji (interpretacja Urzędu Skarbowego w Biłgoraju z 25 maja 2007 r., PVE/443-3/2007).

Kosztem uzyskania przychodu mogą być tylko takie straty, których występowanie w toku działalności danego rodzaju jest nieuniknione, a przyczyny utraty towaru są wykazane. Utrata towaru nie może więc być następstwem niewłaściwego działania podatnika czy też osób z nim związanych. Zaliczenie strat w środkach obrotowych do kosztów uzyskania przychodów jest oceniane według zasady wynikającej z art. 15 ust. 1 updop. Warunkiem zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów strat w środkach obrotowych jest rzeczywiste ich poniesienie oraz wykazanie, że powstały poza wolą podatnika, w sposób od niego niezależny, przy zachowaniu należytej staranności w prowadzonej działalności (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z 13 maja 2004 r., I SA/Bd 7/04).