ZUS może kontrolować prawidłowość orzekania o czasowej niezdolności do pracy z powodu choroby. Podstawą tej kontroli jest art. 59 ustawy z 25 czerwca 1999 r. o świadczeniach pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa (DzU z 2005 nr 31, poz. 267 ze zm.). W tym celu lekarz orzecznik może przeprowadzić badanie lekarskie ubezpieczonego, skierować go na badania specjalistyczne, zażądać dokumentacji medycznej od lekarza wystawiającego zwolnienie, zlecić badania pomocnicze. Jeśli orzecznik określi wcześniejszą datę ustania niezdolności do pracy, niż wynika to ze zwolnienia, to od tej daty traci ono ważność. Dla ubezpieczonego oznacza to utratę prawa do dalszego pobierania zasiłku.
W 2007 r. ZUS przeprowadził 264,1 tys. badań kontrolnych w zakresie prawidłowości orzekania o czasowej niezdolności do pracy. Około 10 proc. osób uznał za zdolne do pracy (co oznacza, że utraciły zasiłek), kolejnym 10 proc. osób nie zakwestionował zwolnień. W pozostałych wypadkach skrócił okres zasiłkowy, na czym w sumie zaoszczędził 3,7 mln zł.
ZUS może również skontrolować, czy ubezpieczony prawidłowo wykorzystuje swoje zwolnienie. Chodzi o to, czy wykorzystuje je zgodnie z jego celem i czy nie wykonuje w tym czasie pracy zarobkowej. Prawo do takiej kontroli daje art. 68 ustawy chorobowej. ZUS skontrolował w ubiegłym roku 67,7 tys. ubezpieczonych, pozbawiając prawa do świadczeń 2,7 tys. osób. W efekcie spowodowało to cofnięcie zasiłków w kwocie 3,4 mln zł. ZUS ma także prawo do obniżania o 25 proc. wysokości zasiłku chorobowego i opiekuńczego za okres od ósmego dnia orzeczonej niezdolności do pracy do dnia dostarczenia zaświadczenia lekarskiego. Dzieje się tak wówczas, gdy chory nie przekaże zaświadczenia lekarskiego płatnikowi (czyli zwykle swojemu pracodawcy) w ciągu 7 dni od daty jego otrzymania. Z tego tytułu w 2007 r. obniżono wypłaty zasiłków o 5,9 mln zł.
W 2007 r. ZUS wypłacił zasiłki chorobowe w kwocie 3,9 mld zł. Pracodawcy za czas chorób swoich pracowników zapłacili około 3,4 mld zł.
