W judykaturze dostrzegalny jest styk zagadnienia przedawnienia zobowiązania podatkowego i prawa unijnego, co rozważano w szczególności w kontekście przedawnienia prawa zwrotu środków przeznaczonych na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich.
Naczelny Sąd Administracyjny wywodził, że zgodnie z art. 207 ust. 1 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (aktualny tekst jedn. DzU z 2021 r., poz. 305 ze zm., dalej u.f.p.), w przypadku gdy środki przeznaczone na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich są wykorzystane niezgodnie z przeznaczeniem, wykorzystane z naruszeniem procedur, o których mowa w art. 184 tej ustawy, pobrane nienależnie lub w nadmiernej wysokości, podlegają zwrotowi wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji, o której mowa w ust. 9, na wskazany w tej decyzji rachunek bankowy, z zastrzeżeniem ust. 8 i 10 powołanego artykułu.