Wykorzystanie dofinansowania niezgodnie z przeznaczeniem lub z naruszeniem obowiązujących procedur, a także pobranie środków nienależnie albo w nadmiernej wysokości, może zakończyć się wydaniem wobec beneficjenta decyzji administracyjnej określającej kwotę do zwrotu. Spółka powinna zwrócić ją wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych, co do zasady w terminie 14 dni od doręczenia ostatecznej decyzji. Gdy jednak spółka nie płaci, a egzekucja z jej majątku okaże się bezskuteczna, odpowiedzialność za zwrot dofinansowania nie musi ograniczać się do samej spółki. Przepisy Ordynacji podatkowej, do których odpowiedniego stosowania odsyła ustawa o finansach publicznych, pozwalają bowiem uruchomić odrębną procedurę zmierzającą do obciążenia odpowiedzialnością za zobowiązania spółki także osoby trzecie. W przypadku spółek kapitałowych są to przede wszystkim członkowie jej zarządu.