Estoński CIT miał być stabilną, proinwestycyjną alternatywą dla klasycznego CIT, kierowaną do małych i średnich firm o prostej strukturze udziałowców, często polskich firm rodzinnych. Tymczasem wiele spółek, które weszły w ryczałt w trakcie roku, mierzy się dziś z ryzykiem, którego skala jest nieproporcjonalna do „wagi” formalnego uchybienia. Chodzi o nieterminowe lub wadliwe podpisanie tzw. śródrocznego sprawozdania finansowego sporządzanego na potrzeby art. 28j ust. 5 ustawy o CIT. Organy podatkowe zaczęły kwestionować skuteczność „wejścia w estoński CIT”, co może dla podatników oznaczać konieczność powrotu do rozliczania CIT na zasadach ogólnych, dopłaty zaległego podatku wraz z odsetkami, a niekiedy także ryzyka karnego skarbowego.