Organy podatkowe mogą przeprowadzać kontrole z wielu powodów. Często realizują je w ramach rutynowych działań sprawdzających zgodność rozliczeń przedsiębiorców z prawem. Zdarza się też, że impuls do kontroli stanowi analiza ryzyka, np. w przypadku ujawnienia nieścisłości w deklaracjach podatkowych lub transakcjach o nietypowym charakterze. Kontrolerzy podejmują działania także wtedy, gdy przedsiębiorca ubiega się o zwrot podatku i należy potwierdzić prawidłowość rozliczeń.
Na przestrzeni ostatnich lat przedmiot kontroli ulega zmianom. Coraz częściej kontrolerzy sprawdzają m.in. podatek u źródła (WHT), ceny transferowe, samozatrudnienie, ryczałt od przychodów ewidencjonowanych, schematy podatkowe (MDR), rozliczenia pomocy covidowej, outsourcing oraz zjawisko karuzeli VAT w obszarze usług budowlanych.