Podział spółki przez wydzielenie, realizowany w trybie art. 529 § 1 pkt 4 kodeksu spółek handlowych, jest jednym z popularniejszych narzędzi reorganizacji korporacyjnej. Model polegający na wydzieleniu aktywów nieruchomościowych do odrębnej spółki (PropCo) i ich jednoczesnym najmie zwrotnym na rzecz spółki operacyjnej (OpCo) stanowi od lat standard rynkowy: pozwala odseparować ryzyko operacyjne od majątku, przygotować strukturę pod wejście inwestora lub zoptymalizować zarządzanie aktywami.

Przez wiele lat organy podatkowe akceptowały ten schemat. Jeżeli wydzielany zespół składników posiadał wyodrębnienie organizacyjne, finansowe i funkcjonalne, transakcja była kwalifikowana jako zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa (ZCP) i pozostawała neutralna na gruncie VAT. Niestety, analiza interpretacji indywidualnych wydawanych od 2023 r. prowadzi do niepokojącego wniosku, że okres spokoju się skończył. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej systemowo zaostrzył kurs, osią sporu czyniąc tzw. najem zwrotny, który rzekomo przesądzać ma o braku „wyodrębnienia funkcjonalnego” wydzielanego działu nieruchomości. Konsekwencje dla podatników mogą być kosztowne.

Pojęcie ZCP

Zgodnie z art. 2 pkt 27e ustawy o VAT (tożsamym z art. 4a pkt 4 ustawy o CIT) zorganizowaną częścią przedsiębiorstwa jest organizacyjnie i finansowo wyodrębniony zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym zobowiązań, przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, który mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania. Wyodrębnienie organizacyjne oznacza formalne wydzielenie zespołu składników w strukturze podatnika. Wyodrębnienie finansowe nie wymaga odrębnej księgowości – wystarczy ewidencja umożliwiająca przyporządkowanie przychodów, kosztów i zobowiązań. Wyodrębnienie funkcjonalne polega na potencjalnej zdolności zespołu do samodzielnego funkcjonowania jako niezależne przedsiębiorstwo. Wieloletnia linia interpretacyjna potwierdzała, że wydzielenie działu nieruchomościowego obejmującego nieruchomości, umowy najmu, zobowiązania z tytułu mediów i przeznaczonych do tego pracowników spełnia wszystkie te przesłanki.

Wyodrębnienie funkcjonalne w optyce fiskusa

Analiza rozstrzygnięć wydawanych przez dyrektora KIS od 2023 r. ujawnia kształtowanie się odmiennej tendencji. W interpretacji z 27 listopada 2023 r. (sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.382.2023.1.AJB) organ uznał stanowisko wnioskodawcy za nieprawidłowe, twierdząc, że nieruchomości przypisane do działu nieruchomości służą „w pierwszej kolejności” działalności produkcyjnej i są z nią „nierozerwalnie” funkcjonalnie powiązane. Identyczny schemat argumentacyjny pojawił się w rozstrzygnięciach z 2025 r.

Logika organu sprowadza się do twierdzenia: skoro nieruchomości po wydzieleniu będą nadal służyć tej samej działalności produkcyjnej spółki dzielonej – tyle że na podstawie umowy najmu, a nie z tytułu prawa własności – to przeznaczenie gospodarcze majątku nie ulega zmianie, a zatem nie dochodzi do powstania niezależnego przedsiębiorstwa. Jeśli nowa spółka nieruchomościowa opiera swój model biznesowy na obsłudze jednego klienta, z którego struktury powstała, to jest w ocenie fiskusa jedynie wydzielonym „zapleczem technicznym”, nie zaś samodzielnym podmiotem. Organ utożsamia zatem brak dywersyfikacji portfela klientów z brakiem zdolności do niezależnego funkcjonowania.

Warto odnotować, że nowa linia interpretacyjna nie jest stosowana jednolicie. W tym samym czasie dyrektor KIS wydaje interpretacje pozytywne, potwierdzające status ZCP dla analogicznych modeli reorganizacyjnych (sygn. 0111-KDIB3-3.4012.143.2025.6.MPU z 16 czerwca 2025 r.; sygn. 0111-KDIB3-2.4012.357.2024.4.SR z 20 września 2024 r.). Niejednolitość praktyki jest tym bardziej uderzająca, że w kilku sprawach wnioskodawcy wprost wskazywali na tę niespójność, powołując się – bezskutecznie – na wcześniejsze pozytywne interpretacje wydane w analogicznych stanach faktycznych.

Błąd logiczny Dyrektora KIS

Rdzeń wadliwości nowej praktyki dyrektora KIS tkwi w błędnym utożsamieniu „wyodrębnienia funkcjonalnego” ZCP z „niezależnością handlową” wydzielanego podmiotu od dotychczasowego właściciela. Rozumowanie organu jest obarczone co najmniej trzema poważnymi błędami.

Po pierwsze, organ myli zdolność operacyjną ze strategią handlową. Autonomia podmiotu gospodarczego wyraża się w jego zdolności (potencjale) do świadczenia usług, a nie w doborze kontrahentów. Jeżeli wydzielana spółka przejmuje aktywa trwałe, infrastrukturę techniczną, umowy na media oraz pracowników wyznaczonych do obsługi nieruchomości, to posiada pełen substrat niezbędny do funkcjonowania na rynku. To, że zarząd nowej spółki decyduje się wynajmować powierzchnię jednemu strategicznemu klientowi, jest suwerenną decyzją handlową, a nie kryterium prawnym przesądzającym o strukturze przedsiębiorstwa. W obrocie gospodarczym funkcjonują tysiące podmiotów B2B opartych na współpracy z jednym kluczowym odbiorcą – odmawianie im z tego powodu przymiotu przedsiębiorstwa jest zabiegiem karkołomnym.

Po drugie, stanowisko organu jest sprzeczne z logiką prawa cywilnego. Dyrektor KIS traktuje fakt zawarcia umowy najmu jako dowód niesamodzielności. Tymczasem skuteczne zawarcie umowy najmu możliwe jest wyłącznie pomiędzy dwoma odrębnymi podmiotami prawa. Faktura VAT wystawiona za czynsz dokumentuje usługę wyświadczoną przez profesjonalny, niezależny podmiot. Traktowanie czynności prawnej jako przesłanki negatywnej przy ocenie definicji przedsiębiorstwa jest nieporozumieniem.

Po trzecie, organ niezasadnie twierdzi, że „przeznaczenie majątku się nie zmienia”. W rzeczywistości dochodzi do fundamentalnej zmiany modelu biznesowego: przed wydzieleniem nieruchomości stanowiły bazę majątkową dla działalności produkcyjnej, po wydzieleniu zaś działalnością spółki nieruchomościowej staje się zarządzanie aktywami i pobieranie pożytków z tytułu najmu – cel gospodarczy rodzajowo odmienny.

Stanowisko sądów

Ważnym orzeczeniem dezawuującym restrykcyjną linię dyrektora KIS jest nieprawomocny wyrok WSA w Krakowie z 22 marca 2024 r. (sygn. I SA/Kr 72/24). Sąd wytknął organowi zasadniczy błąd metodyczny: główny nacisk położony został nie na to, czy wydzielane składniki mogą stanowić ZCP, lecz na to, czy majątek pozostały w spółce dzielonej pozwoli jej kontynuować działalność. Tymczasem konieczne było wykazanie, że spółka przejmująca – dysponując otrzymanymi składnikami – nie będzie mogła prowadzić działalności gospodarczej. Argumentacji takiej w interpretacji zabrakło. Sąd podkreślił, że tytuł prawny do władania nieruchomością jest kwestią drugorzędną wobec modelu biznesowego, a organ nie może stawiać jako warunku wcześniejszego generowania przychodów z najmu. Przed podziałem zawarcie umowy najmu było obiektywnie niemożliwe, gdyż żaden podmiot nie może zawrzeć umowy sam ze sobą.

Tę samą linię potwierdził WSA w Poznaniu w wyroku z 26 lutego 2026 r. (sygn. I SA/Po 893/25), uchylając kolejną negatywną interpretację z października 2025 r. Sąd wprost stwierdził, że dział nieruchomościowy pozostaje samodzielną i niezależną jednostką w obrocie prawnym także wówczas, gdy wydzielony zespół składników stanowi „zaplecze” umożliwiające kontynuację działalności nieruchomościowej spółki dzielonej. Pełnienie tej funkcji nie pozbawia go samodzielności. Znamienne przy tym, że w sprawie poznańskiej dział obejmował nieruchomości częściowo wynajmowane podmiotom trzecim – sąd nie uczynił jednak z tego faktu osi rozstrzygnięcia, co potwierdza, że skala działalności zewnętrznej nie jest kryterium prawnym wyodrębnienia funkcjonalnego.

Odmiennie wypowiedział się WSA w Szczecinie w wyroku z 4 marca 2026 r. (sygn. I SA/Sz 473/25), oddalając skargę podatnika. Sąd uzasadnił to ścisłą wzajemną zależnością obu podmiotów: jedyna nieruchomość spółki stanowiła jej siedzibę i jedyne miejsce produkcji, wobec czego spółka dzielona nie mogłaby funkcjonować bez zawarcia umowy najmu ze spółką przejmującą, a ta miałaby jedynego możliwego najemcę.

Wyrok szczeciński budzi jednak poważne zastrzeżenia – i to nie dlatego, że wynik jest niekorzystny dla podatnika, lecz dlatego, że argumentacja nie trzyma się siatki pojęciowej przyjętej przez inne sądy.

Po pierwsze, sąd oparł rozstrzygnięcie na tezie o „ścisłej współpracy” i wzajemnej zależności obu podmiotów po podziale. Tymczasem jest to ten sam błąd, który WSA w Krakowie i Poznaniu wytknęły fiskusowi: ocena skutków podziału dla obu stron zamiast oceny zdolności wydzielanego zespołu do samodzielnego funkcjonowania. Wzajemna zależność w stosunku najmu nie jest dowodem braku niezależności, ale naturalną konsekwencją każdej umowy dwustronnej. Każdy wynajmujący jest w pewnym sensie „zależny” od najemcy, bo bez niego nieruchomość nie generuje przychodu. To opis relacji kontraktowej, nie kryterium prawne.

Po drugie, sąd stwierdził, że nowo powstała spółka „nie będzie mogła w pełni swobodnie decydować co do nieruchomości”. To stanowisko jest trudne do obrony na gruncie prawa cywilnego. Właściciel nieruchomości zawsze zachowuje swobodę dysponowania składnikiem aktywów: może wypowiedzieć umowę najmu, zmienić stawki, poszukać innych najemców. Umowa najmu zawarta ze spółką dzieloną nie pozbawia spółki przejmującej prawa własności. Wiąże ją jedynie na czas trwania konkretnej umowy, tak jak każda umowa najmu wiąże każdego właściciela nieruchomości komercyjnej.

Po trzecie, i jest to punkt najsłabszy uzasadnienia szczecińskiego, sąd de facto wprowadził nowe kryterium: dywersyfikację portfela najemców jako warunek sine qua non uznania ZCP. Tego kryterium nie ma ani w ustawie, ani w orzecznictwie TSUE, ani w utrwalonej linii NSA. Definicja ustawowa mówi o zdolności do samodzielnego realizowania zadań gospodarczych, nie zaś o liczbie obsługiwanych podmiotów. Przyjęcie logiki szczecińskiej prowadziłoby do absurdalnego wniosku: jednonajemcowa spółka nieruchomościowa nigdy nie mogłaby uzyskać statusu ZCP, bo zawsze pozostawałaby w „ścisłej współpracy” ze swoim jedynym klientem.

Wartość wyroku szczecińskiego dla praktyki polega na czym innym: pokazuje, że w warunkach niejednolitej praktyki interpretacyjnej nawet sądy zaczynają poszukiwać dodatkowych kryteriów różnicujących, a brak klarownej linii na tym poziomie stwarza realne ryzyko dla podatników niezależnie od merytorycznej trafności konkretnego rozstrzygnięcia.

Konsekwencje i rekomendacje

Dla podatnika opisana sytuacja oznacza dużą niepewność prawną: błędna kwalifikacja transakcji w każdą stronę niesie poważne konsekwencje: zaległość podatkową z 23 proc. VAT z odsetkami i sankcjami albo ryzyko zakwestionowania prawa nabywcy do odliczenia podatku naliczonego (art. 88 ustawy o VAT). Przeprowadzenie podziału bez uprzedniego potwierdzenia kwalifikacji w interpretacji indywidualnej jest dziś działaniem obarczonym nieakceptowalnym ryzykiem. Wniosek o interpretację powinien wykazywać potencjalną zdolność nowej spółki do działania na rynku zewnętrznym, kompletność przejmowanego zespołu oraz rynkowy charakter relacji ze spółką dzieloną.

Podsumowanie

Kształtująca się od 2023 r. praktyka dyrektora KIS prowadzi do rezultatów sprzecznych z literą prawa, z orzecznictwem sądów administracyjnych oraz z unijnymi zasadami neutralności podatku VAT (art. 19 dyrektywy VAT). WSA w Krakowie i WSA w Poznaniu zakwestionowały tę linię przekonująco. Organy podatkowe nie rewidują jednak swojego stanowiska (m.in. interpretacje dyrektora KIS z 14 kwietnia 2026 r., sygn. 0111-KDIB3-3.4012.44.2026.4.AW, oraz z 3 kwietnia 2026 r., sygn. 0111-KDIB1-1.4010.34.2026.3.SH), a wyrok WSA w Szczecinie pokazuje, że rozbieżności zaczynają pojawiać się również w orzecznictwie sądowym.

Uzasadnia to pilny postulat interwencji ministra finansów w formie ogólnej interpretacji przepisów prawa podatkowego (art. 14a § 1 ordynacji podatkowej), która ujednoliciłaby stosowanie art. 2 pkt 27e ustawy o VAT. Do czasu jej wydania każda reorganizacja zakładająca najem zwrotny wymaga indywidualnego audytu ryzyka podatkowego. Założenie, że model sprawdzony przed laty pozostaje bezpieczny bez weryfikacji, może okazać się bardzo kosztownym błędem.

autorzy: Beata Krzyżagórska-Żurek, adwokat, partner zarządzająca Krzyżagórska Łoboda sp.p.; Bartolomei Badełek, doradca podatkowy, radca prawny współpracujący z tą kancelarią