Swoje odejście generał Muszarraf obwieścił w nadanym przez państwową telewizję orędziu do narodu. Bronił w nim swojej polityki, zaprzeczał „fałszywym oskarżeniom“ o łamanie prawa. Usprawiedliwiał swoją decyzję o dokonaniu zamachu stanu w 1999 roku.
Chociaż w październiku 2007 roku generał został wybrany na drugą kadencję, kilka miesięcy później jego obóz poniósł porażkę w wyborach do parlamentu i rząd sformowała opozycja. Pakistańska Partia Ludowa i Pakistańska Liga Muzułmańska zyskały poparcie dwóch mniejszych ugrupowań, w tym islamskich fundamentalistów, dla wszczęcia procedury usunięcia prezydenta ze stanowiska. Zarzucono mu, że naruszył konstytucję, kandydując na prezydenta, mimo iż pełnił funkcję naczelnego dowódcy sił zbrojnych. Muszarraf wiedział, że przegra głosowania w parlamencie. Jego otoczenie rozpoczęło w tej sytuacji negocjacje z rządem w sprawie dobrowolnego ustąpienia.
Obowiązki głowy państwa przejmie teraz przewodniczący Senatu Mohammadmian Soomro. W ciągu 30 dni kolegium elekcyjne składające się z deputowanych obu izb parlamentu oraz czterech parlamentów stanowych musi wybrać nowego prezydenta.
Na początku tego stulecia Muszarraf oddał Stanom Zjednoczonym nieocenione usługi, pomagając im w interwencji w sąsiednim Afganistanie i w wyłapywaniu przywódców al Kaidy. Pozwalał amerykańskiemu lotnictwu na bombardowanie kryjówek siatki Osamy bin Ladena w samym Pakistanie. Według analityków w ostatnich latach działał jednak na dwa fronty.
– Osłaniał talibów, starając się jednocześnie przekonać Amerykanów, że nie prowadzi podwójnej gry – mówi Ahmed Raszid, pakistański ekspert, autor książek o rządach Muszarrafa.