Stanowisko WSA
WSA stwierdził, że okoliczności powołane w zaskarżonym postanowieniu uzasadniały przedłużenie terminu zwrotu VAT na czas prowadzonej kontroli podatkowej wszczętej 21 maja 2013 r. Mimo to nie można przyjąć, że postanowienie to wywierało skutki uprawniające organ do wstrzymania zwrotu podatku ze względu na kolejną uruchomioną procedurę, tj. postępowanie kontrolne.
W opinii sądu z postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT powinno jednoznacznie wynikać, w jakim trybie weryfikacji zostało ono wydane. Jeżeli w postanowieniu nie wskazano wprost terminu przedłużenia (poprzez podanie daty lub liczby dni/tygodni/miesięcy), to należy uznać, że skutki tego postanowienia są ograniczone czasowo dopuszczalnym terminem badania rozliczenia w danym trybie (z uwzględnieniem przewidzianych ustawowo przedłużeń terminów).
Jeśli zatem w postanowieniu przedłużającym termin zwrotu VAT nie powołano się na wszczęte 12 czerwca 2013 r. postępowanie kontrolne, a w momencie wydania postanowienia z 29 maja 2013 r. weryfikacja następowała w innym trybie, tzn. w trybie kontroli skarbowej, to postanowienie to skutecznie przedłuża termin zwrotu jedynie do momentu zakończenia kontroli skarbowej, tj. do 12 czerwca 2013 r. Po tej dacie, ze względu na nieprzedłużenie terminu zwrotu, urząd skarbowy powinien zwrócić podatnikowi VAT.
Fiskus zakwestionował orzeczenie...
Urząd skarbowy złożył na to rozstrzygnięcie skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego. W opinii organu podatkowego sąd I instancji dokonał błędnej wykładni, a co za tym idzie, nieprawidłowo przyjął, że przedmiotowe postanowienie nie wywierało skutków prawnych na kolejną uruchomioną procedurę, czyli na postępowanie kontrolne.
Zdaniem fiskusa raz wydane postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT jest skuteczne do zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, bez względu na to, w jakiej procedurze to zakończenie nastąpi. W przeciwnym razie wystąpi luka czasowa w obowiązywaniu postanowień.
...ale NSA przyznał rację spółce
Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 lutego 2015 r. (I FSK 621/14) nie zaaprobował stanowiska urzędu skarbowego. Stwierdził, że WSA prawidłowo uznał, iż postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT jest skuteczne tylko do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika w ramach procedury wskazanej w tym postanowieniu. Tym samym wraz ze zmianą procedury weryfikacji organ podatkowy musiałby wydać kolejne postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika w nowej procedurze.