Jeżeli nabywca może odliczyć podatek naliczony jedynie według proporcji (w przykładzie jest to 60 proc.), to VAT należny od sprzedawcy nadal wyniesie 460 000 zł, ale nabywca odliczy wstępnie jedynie 276 000 zł. W tym przypadku VAT nie będzie już neutralny dla stron transakcji, gdyż nabywca nie odliczy 184 000 zł z kwoty podatku naliczonego.
Realnie ciężar tego nieodliczonego VAT będzie mniejszy o 34 960 zł (tj. o kwotę zmniejszenia CIT z uwagi na zaliczenie kwoty 184 000 zł w ciężar kosztów podatkowych albo wprost albo poprzez odpisy amortyzacyjne) i wyniesie realnie 149 040 zł. Ale i tak znacznie przekroczy wydatek, który trzeba byłoby ponieść na zapłatę podatku od czynności cywilnoprawnych (40 000 zł, z czego realnie, tzn. uwzględniając pomniejszenie CIT, 32 400 zł).
W tym przypadku wybór opodatkowania dostawy nieruchomości okazuje się niekorzystny dla stron. Poza tym należy pamiętać, że w następnych latach kwota odliczonego proporcjonalnie VAT będzie podlegać korekcie w trybie art. 91 ustawy o VAT, która może być in plus bądź in minus. Tym samym zmianie ulegną też rozliczenia CIT i ostateczna wysokość strat związana z wyborem tego rozwiązania może ulec zmianie, choć mało prawdopodobne jest, aby strony uzyskały korzyść. Oczywiście, gdyby proporcja odliczenia u nabywcy była znacznie wyższa (np. powyżej 95 proc.), wybór opodatkowania transakcji VAT może okazać się opłacalny mimo, że nabywca nie odliczy całej kwoty podatku naliczonego z tytułu zakupu nieruchomości.
Wariant II
Załóżmy jednak, że budynek został nabyty przez firmę A od dewelopera w 2008 r. i w tym roku oddany do użytkowania. Jego sprzedaż w 2013 r. wiązać się zatem będzie z obowiązkiem korekty odliczonego w 2009 r. podatku naliczonego w trybie art. 91 ust. 7 i nast. ustawy o VAT. Sprzedaż budynku w 2013 r. oznacza, że podatnik (sprzedawca) jest zobowiązany skorygować 5/10 kwoty odliczonego podatku naliczonego. W miesiącu sprzedaży tego budynku firma A będzie zatem zobowiązana do pomniejszenia podatku naliczonego od zakupu budynku w 2009 r. o 5/10 kwoty podatku naliczonego odliczonego przy zakupie, tj. o kwotę 110 000 zł. W tym przypadku, jeżeli sprzedawca nie wybierze opcji opodatkowania transakcji VAT, to będzie musiał zwrócić 110 000 zł kwoty VAT z tytułu korekty podatku naliczonego. Tak więc wybór opodatkowania staje się szczególnie opłacalny, zwłaszcza w przypadku, gdy nabywcy (firmie B) będzie przysługiwać prawo od odliczenia podatku naliczonego w całości. Nabywca (firma B) nie poniesie bowiem kosztu podatku od czynności cywilnoprawnych (po uwzględnieniu zmniejszenia CIT) w kwocie 32 400 zł, a sprzedawca nie będzie zobowiązany do korekty odliczonego podatku naliczonego w kwocie 110 000 zł (kwota ta może stanowić koszt, a więc CIT byłby niższy o 20 900 zł). Korzyść sprzedawcy wyniesie 89 100 zł. Obie strony łącznie odniosą korzyść w wysokości 121 500 zł.
Z kolei, w sytuacji gdyby nabywca miał prawo do odliczenia podatku naliczonego jedynie proporcjonalnie, czyli w rozpatrywanym przypadku 60 proc., wybór opodatkowania transakcji VAT nie będzie opłacalny, gdyż korzyść sprzedawcy wyniosłaby realnie 121 500 zł (to nie ulega zmianie), a strata nabywcy to 149 040 zł. Oczywiście, gdyby proporcja odliczenia u nabywcy była wyższa (np. pow. 80 proc.), wybór opodatkowania transakcji VAT może się już okazać opłacalny.