W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (art. 86 ust. 1 ustawy o VAT).

Co do zasady kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług lub potwierdzających dokonanie przedpłaty (zaliczki, zadatku, raty), jeżeli wiązały się one z powstaniem obowiązku podatkowego.

Odbiorca faktur nie musi przechowywać ich w takiej samej formie, w jakiej zostały wystawione

Z kolei prawo do odliczenia powstaje w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę. Jeśli podatnik nie obniżył podatku należnego w terminie otrzymania faktury, to może to zrobić w rozliczeniu za jeden z dwóch następnych okresów.

Ponadto podatnik powinien pamiętać, że prawo do odliczenia VAT przysługuje wówczas, gdy nie zaistnieją przesłanki negatywne, wskazane w art. 88 ustawy o VAT. Chodzi o  określone przypadki, w których podatnik nie ma prawa do odliczenia VAT (np. nabycie usług noclegowych czy gastronomicznych).

Z przepisów wynika wprost, że podstawą do odliczenia podatku naliczonego jest otrzymanie przez podatnika faktury dokumentującej nabycie towarów i usług, wykorzystywanych do wykonywania czynności opodatkowanych. Brak faktury uniemożliwia zatem dokonanie odliczenia VAT.

System mieszany

Podatnicy VAT są obowiązani wystawić fakturę stwierdzającą w szczególności dokonanie sprzedaży, datę dokonania sprzedaży, cenę jednostkową bez podatku, podstawę opodatkowania, stawkę i kwotę podatku, kwotę należności oraz dane dotyczące podatnika i nabywcy (art. 106 ust. 1 ustawy o VAT).

Szczegółowe uregulowania dotyczące faktur określa rozporządzenie ministra finansów z 28 marca 2011 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (dalej: rozporządzenie wykonawcze).

Zgodnie z rozporządzeniem wykonawczym, faktury wystawia się co najmniej w dwóch egzemplarzach, z których jeden otrzymuje nabywca, a drugi zachowuje w swojej dokumentacji podatnik dokonujący sprzedaży (§ 19).

Podatnicy, na podstawie § 21 rozporządzenia, zobowiązani są przechowywać:

– w podziale na okresy rozliczeniowe w sposób zapewniający łatwe ich odszukanie oraz autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia lub otrzymania do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Podatnicy posiadający siedzibę działalności gospodarczej na terytorium kraju mają obowiązek przechowywać  faktury na terytorium kraju. Zasady tej nie stosuje się, jeżeli faktury są przechowywane poza terytorium kraju w formie elektronicznej, w sposób umożliwiający organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, za pomocą środków elektronicznych, dostęp on-line do tych faktur.

Podatnicy muszą też zapewnić organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej bezzwłoczny dostęp do faktur na żądanie, a w przypadku faktur przechowywanych w formie elektronicznej, również bezzwłoczny ich pobór i przetwarzanie danych w nich zawartych.

Rozporządzenie wykonawcze w § 2 definiuje pojęcia autentyczności pochodzenia i integralności treści faktury. Przez autentyczność pochodzenia faktury rozumie się pewność co do tożsamości dokonującego dostawy towarów lub świadczącego usługi albo wystawcy faktury. Natomiast integralność treści faktury oznacza, że w fakturze nie zmieniono danych, które powinna ona zawierać.

To na podatniku spoczywa określenie sposobu zapewnienia autentyczności pochodzenia, integralności treści i czytelności faktury (§ 20a rozporządzenia wykonawczego). Autentyczność pochodzenia, integralność treści oraz czytelność faktury można zapewnić za pomocą dowolnych kontroli biznesowych, które ustalają wiarygodną ścieżkę audytu między fakturą a dostawą towarów lub świadczeniem usług.

Powyższe przepisy nie odnoszą się do mieszanego sytemu (papierowego i elektronicznego) otrzymywania i przechowywania faktur. Nie narzucają również obowiązku przechowywania przez odbiorcę faktur dokumentujących dokonane zakupy w takiej samej formie, w jakiej zostały wystawione.

Niezabronione, więc dozwolone

Ustawodawca wskazał, że podatnicy zobowiązani są przechowywać otrzymane faktury w podziale na okresy rozliczeniowe, w taki sposób, aby zapewnić łatwe ich odszukanie oraz autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia lub otrzymania do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

W opisanym w pytaniu przypadku faktura papierowa zostaje zeskanowana. Tym samym wersja elektroniczna faktury zawiera dokładnie takie same dane jak wersja papierowa. Nie ma również możliwości ingerowania w treść faktury po jej zeskanowaniu i  wprowadzeniu do bazy danych. Wobec tego zapewniona jest autentyczność pochodzenia i integralność treści faktury.

Ponadto, jeżeli firma przechowuje faktury w wersji elektronicznej w podziale na okresy rozliczeniowe przez okres wymagany przez przepisy prawa podatkowego oraz w przypadku potencjalnej kontroli podatkowej jest w stanie zapewnić pełny, bezzwłoczny dostęp do tych faktur, to spełnione są wszystkie warunki określone w rozporządzeniu wykonawczym.

Wobec tego firma otrzymująca faktury papierowe, które zostały zeskanowane i wprowadzone do bazy danych, ma prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z tych faktur, pomimo że wersja papierowa faktur jest niszczona.

Prawo do odliczenia w takich przypadkach zostało potwierdzone w wydanych przez organy podatkowe interpretacjach. Przykładowo można wskazać na rozstrzygnięcia Izby Skarbowej w Warszawie z 18 grudnia 2012 r. (IPPP2/ 443-1148/12-3/DG) czy Izby Skarbowej w Łodzi z 22 kwietnia 2013 r. (IPTPP2/ 443-106/13-4/PR).