Ministerstwo Finansów zajęło stanowisko w sprawie stosowania przepisów ordynacji podatkowej w odpowiedzi na interpelację poselską nr 5901. Dodało jednak, że warto, by problem ten został rozstrzygnięty w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Jeden z posłów zwrócił uwagę, że często danemu podatnikowi przysługuje np. zwrot VAT, a jednocześnie otrzymuje decyzję organu podatkowego pierwszej instancji  określającą  zaległość podatkową w podatku dochodowym, od której wnosi odwołanie. W takiej sytuacji organ podatkowy z urzędu zalicza kwotę zwrotu VAT na poczet zaległości w podatku dochodowym. Tymczasem, zgodnie z art. 239a ordynacji podatkowej, decyzja nieostateczna nie podlega wykonaniu, chyba że nadano jej rygor natychmiastowej wykonalności. Również sądy administracyjne w niektórych wyrokach (m.in. NSA  II FSK 2674/10 i II FSK 2675/10) uznają, że wykonanie nieostatecznej decyzji poprzez zaliczenie przysługującej podatnikowi nadpłaty (zwrotu podatku) na poczet zaległości wynikającej z nieostatecznej decyzji jest niedopuszczalne.

Ministerstwo Finansów zaznaczyło jednak w odpowiedzi, że przedstawiony sposób działania organów podatkowych w sprawach zaliczania nadpłat znajduje oparcie w przepisach ordynacji podatkowej.

„Art. 239a ordynacji podatkowej nie stoi na przeszkodzie w stosowaniu instytucji zaliczenia nadpłaty uregulowanej w art. 76 § 1 powołanej ustawy. Oznacza to, że w okresie niewykonywania decyzji nieostatecznej organ podatkowy ma obowiązek dokonać zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowej wynikającej z takiej decyzji" – czytamy.

Ministerstwo powołało się z kolei na orzeczenia WSA we Wrocławiu (I SA/Wr 752/11), WSA w Warszawie (III SA/Wa 1495) oraz NSA (II FSK 688/10).

Sądy uznały, że wynikający z art. 239a ordynacji podatkowej zakaz wykonania decyzji ostatecznej nie wyklucza ani nie ogranicza zarachowania przez organ podatkowy z urzędu nadpłaty lub zwrotu podatku na poczet jego zaległych zobowiązań podatkowych.

Wiceminister Maciej Grabowski przyznał jednak, że dostrzega problem rozbieżności w orzecznictwie.

„Zwróciłem się do prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego z prośbą o rozważenie wystąpienia w trybie art. 264 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi z wnioskiem o podjęcie w tej sprawie przez NSA w składzie siedmiu sędziów uchwały abstrakcyjnej" – napisał.

Jak dodał, również podjęcie inicjatywy legislacyjnej w kwestii ewentualnej nowelizacji tego przepisu uzależnia od treści przyszłej uchwały NSA.