Problem, czy mamy jedną kompleksową usługę, która powinna być w całości opodatkowana stawką właściwą dla usługi głównej, czy odrębne świadczenia i każde z nich powinno być opodatkowane stawką dla niego właściwą, ma swoje praktyczne skutki.
Pierwsze rozwiązanie jest niekorzystne przy najmie lokali użytkowych, bo oznacza, że refakturując dostawę wody czy wywóz odpadów, wynajmujący musi zastosować do nich właściwą dla najmu stawkę 23 proc. VAT, mimo że usługi te są opodatkowane stawką 8 proc. VAT. W efekcie najemca musi zapłacić wynajmującemu więcej. Jeżeli jest czynnym podatnikiem VAT, odliczy podatek naliczony przez wynajmującego, więc w efekcie nie poniesie jego ciężaru.
Jeżeli jednak jest podatnikiem zwolnionym albo wykonuje czynności zwolnione, wówczas nie będzie mógł odliczyć wyższego podatku naliczonego mu przez wynajmującego przy refakturowaniu dostawy mediów. To samo rozwiązanie jest natomiast korzystne przy najmie lokali mieszkalnych, ponieważ pozwala nie doliczać podatku przy refakturowaniu mediów.
Usługi te, podobnie jak główna usługa najmu, korzystają ze zwolnienia z VAT. Prawdopodobnie jednak najemca i tak będzie musiał pokryć koszt podatku doliczonego przez dostawców na fakturach wystawionych wynajmującemu. Ten przeniesie bowiem na niego wartość brutto z faktury za media, a więc zawierającą VAT, z tą tylko różnicą, że sam już podatku nie doliczy. Natomiast drugie rozwiązanie oznacza, że niezależnie od tego jaką stawką opodatkowany jest najem, wynajmujący refakturuje na najemcę koszty mediów z taką samą stawką, jaka jest właściwa, czyli zgodną ze stawką na fakturze wystawionej na niego samego.
Rozwiązanie pierwsze ma jeszcze jeden skutek, o którym nie wolno zapomnieć. Skoro refakturowanie mediów ma być – tak jak usługa najmu – zwolnione z VAT, to dla wynajmującego może to oznaczać konieczność uwzględnienia tych usług przy wyliczaniu współczynnika, na podstawie którego wynajmujący rozliczy podatek naliczony związany z nabyciem towarów i usług wykorzystywanych zarówno do czynności opodatkowanych, jak i zwolnionych z opodatkowania (zgodnie z art. 90 ustawy o VAT).
Potwierdziła to Izba Skarbowa w Poznaniu w interpretacji z 7 stycznia 2011 (ILPP2/443-1657/10-3/AK):
„mając na uwadze art. 90 ustawy oraz powyższe rozstrzygnięcie, w którym wskazano, iż świadczone przez wnioskodawcę usługi najmu korzystają ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 36 ustawy, stwierdzić należy, iż zasadnym będzie włączenie obrotu z czynszu do struktury, która znajdzie zastosowanie przy odliczeniu podatku naliczonego ogólnych kosztów działalności spółki, która będzie służyć zarówno czynnościom opodat- kowanym (tj. usługi doradcze), jak i czynnościom zwolnionym (czynsz i ewentualna sprzedaż lokalu)".
