Wynika tak jednoznacznie z przepisów [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=178372]rozporządzenia ministra finansów z 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (DzU nr 133, poz. 1119[/link], dalej: rozporządzenie w sprawie faktur elektronicznych).
Zgodnie bowiem z § 5 ust. 2 tego rozporządzenia w przypadkach, gdy przeszkody formalne lub techniczne uniemożliwiają wystawianie i przesyłanie faktur korygujących w formie elektronicznej, w szczególności w przypadku cofnięcia przez odbiorcę faktur zgody na ich wystawianie i przesyłanie w formie elektronicznej, podatnik wystawia ten dokument w formie papierowej, zamieszczając na nim adnotację, że odpowiednio faktura korygująca lub duplikat faktury dotyczy faktury wystawionej w formie elektronicznej.
[srodtytul]Fiskus swoje, podatnicy swoje[/srodtytul]
Pomimo dość jednoznacznego brzmienia wspomniany przepis jest niestety inaczej interpretowany przez organy skarbowe, a inaczej przez podatników oraz sądy administracyjne. Organy skarbowe twierdzą, że faktura korygująca w formie papierowej może korygować faktury elektroniczne tylko w sytuacjach nadzwyczajnych, sporadycznie, jeżeli z przyczyn technicznych lub formalnych w danej chwili nie jest możliwe wystawienie faktur korygujących w formie elektronicznej.
W praktyce jednak niektóre z wdrażanych systemów elektronicznej wymiany danych nie pozwalają na odbiór lub wystawianie faktur korygujących w formie elektronicznej. W konsekwencji, taki brak funkcjonalności stanowi ograniczenie systemowe, trwałą przeszkodę uniemożliwiającą wystawianie faktur korygujących w formie elektronicznej. W takich przypadkach organy podatkowe twierdzą, że brak jest podstaw do wystawiania faktur korygujących w drodze papierowej, gdyż niedopuszczalne jest przyjęcie z góry zasady wystawiania faktur korygujących i duplikatów w formie papierowej do wystawionych wcześniej faktur w formie elektronicznej (taka procedura może mieć charakter wyłącznie incydentalny).