Tak orzekł WSA w Rzeszowie w wyroku z 7 sierpnia 2008 r. (I SA/Rz 339/08).
Spółka zawarła umowę na dostawę maszyn do produkcji i w czerwcu 2006 r. wystawiła fakturę zaliczkową, na której poczet otrzymała pieniądze. Spółka nie zadeklarowała z tytułu tych wpłat podatku należnego, lecz w tym samym miesiącu wystawiła fakturę korygującą do zera należność z faktury pierwotnej. Przy czym nie zwróciła otrzymanych wcześniej wpłat, zaliczając je jako nadpłatę na poczet należności z faktur późniejszych. Zdaniem organów podatkowych wpłaty otrzymane na poczet faktury zaliczkowej z czerwca 2006 r. nie mogą być potraktowane jako nadpłata, ale stanowią zaliczkę podlegająca opodatkowaniu. Nie przekraczały bowiem wartości umowy, a tylko wówczas możemy mówić o nadpłacie. Zatem obowiązek podatkowy powstał w czerwcu 2006 r.
Spółka złożyła skargę do WSA. Argumentowała, że została wystawiona faktura korygująca zaakceptowana przez drugą stronę transakcji, a ponadto przepisy ustawy o VAT nie obligowały jej do zwrotu otrzymanej kwoty.
Zdaniem sądu skoro spółka otrzymała określoną należność w trakcie realizacji umowy i wpłata była elementem tej umowy, to nie ma podstaw do wyłączenia jej z obrotu za czerwiec 2006 r. Sąd uznał, że dokonanie korekty, za którą nie idzie zwrot pieniędzy, nie powoduje przesunięcia momentu powstania obowiązku podatkowego i powstaje on z chwilą wystawienia faktury pierwotnej.
Zespół Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte