- opłat sankcyjnych, które zgodnie z odrębnymi przepisami podlegają wpłacie do budżetu państwa lub budżetów jednostek samorządu terytorialnego.
Tymczasem przepisy prawa budowlanego mówią, że do ustalenia wysokości opłaty legalizacyjnej stosuje się odpowiednio przepisy o wymierzeniu kary za istotne odstępstwa od zatwierdzonego projektu budowlanego lub inne rażące naruszenia warunków pozwolenia na budowę ustalone w odrębnych przepisach.
Sposób kształtowania wysokości opłaty legalizacyjnej poprzez odwołanie się ustawodawcy do kar przesądza, zdaniem organów podatkowych, o braku możliwości uznania takiego wydatku za koszt uzyskania przychodów.
Przykładowo Izba Skarbowa w Katowicach w interpretacji z 31 marca 2008 r. (IBPB1/415-11/08/MW/KAN-77/01/08/KAN-2309/03/08) stwierdziła: „Opłata legalizacyjna nie jest kosztem uzyskania przychodu prowadzonej działalności gospodarczej, gdyż ma charakter kary nałożonej w postępowaniu administracyjnym (…) a w myśl art. 23 ust. 1 pkt 15 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych nie uważa się za koszty uzyskania przychodów grzywien i kar pieniężnych orzeczonych w postępowaniu karnym, karnym skarbowym, administracyjnym i w sprawach o wykroczenia oraz odsetek od tych grzywien i kar”.
Do podobnych wniosków doszła Izba Skarbowa w Gdańsku. W interpretacji z 28 października 2004 roku (BI/005-0762/04) uznała, że opłata legalizacyjna jest formą opłaty sankcyjnej (kary) za samowolę budowlaną, a te zostały wyłączone na podstawie art. 23 ust. 1 pkt 50 ustawy o PIT z kategorii kosztów uzyskania przychodów.
Konsekwencją braku możliwości odliczenia opłaty legalizacyjnej jest to, że nie można jej uwzględnić przy ustalaniu kosztów wytworzenia środka trwałego. Jak stanowi bowiem art. 22 ust. 8 ustawy o PIT, kosztem uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (odpisy amortyzacyjne) dokonane wyłącznie zgodnie z art. 22a – 22o z uwzględnieniem art. 23 ustawy o PIT, tj. przepisów zawierających katalog wydatków nieuznawanych za koszt. Jak czytamy w interpretacji Izby Skarbowej w Gdańsku: „ponieważ opłata legalizacyjna nie jest kosztem uzyskania przychodu, dlatego (…) wartość zapłaconej opłaty legalizacyjnej nie może zostać uwzględniona przy ustalaniu kosztu wytworzenia środka trwałego”.