Przy czynnościach odpłatnych podstawę opodatkowania stanowi – zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy o VAT – obrót, czyli kwota należna ze sprzedaży pomniejszona o kwotę należnego podatku. Ustawa zastrzega, że kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Już pod rządami poprzedniej ustawy o VAT prezentowany był pogląd, że kwotą należną ze sprzedaży jest ta, która obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy, a więc np. honorarium za świadczone usługi oraz zwrot kosztów poniesionych w związku ze świadczeniem tych usług (tak np. w wyroku NSA z 10 października 2003 r., II SA 3483/01, wyroku WSA w Warszawie z 9 sierpnia 2006 r., III SA/Wa 507/2006, oraz wyroku Sądu Najwyższego z 21 maja 2002 r., III RN 66/01).
Po przystąpieniu Polski do Unii Europejskiej stanowisko to zyskało na znaczeniu. Dyrektywa 112 wprost włącza niektóre koszty dodatkowe ponoszone w związku ze świadczeniem usług lub dostawą towarów do podstawy opodatkowania danej czynności, wymieniając w art. 78 podatki, cła, opłaty i inne należności, jak też koszty prowizji, opakowania, transportu i ubezpieczenia pobierane przez dostawcę lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy. Katalog ten nie jest zamknięty, co oznacza, że również inne koszty ponoszone przez usługodawcę lub dostawcę towarów mogą stanowić bezpośrednio element kalkulacyjny wynagrodzenia i powinny być włączone do podstawy opodatkowania.
W praktyce jednak czasami trudno jednoznacznie stwierdzić, czy określony wydatek powinien być elementem kalkulacyjnym podstawy opodatkowania określonej usługi głównej, czy też jest to koszt poniesiony na nabycie odrębnej usługi, świadczonej przy pomocy podwykonawcy.
Przy ustalaniu tego kluczowe będą postanowienia umowne dotyczące świadczenia głównego. Sam zapis o „refakturowaniu” kosztów dodatkowych nie będzie jednak w takich okolicznościach wystarczający. Potwierdza to orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, wskazujące, że jedna transakcja dotycząca świadczenia usług nie może być sztucznie dzielona. „Gdy jedno lub więcej świadczeń ma charakter usługi zasadniczej, a inne elementy transakcji mają charakter usług pomocniczych, usługi pomocnicze powinny być opodatkowane jak usługa główna. Usługę należy uznać za pomocniczą, jeżeli nie stanowi dla odbiorcy celu samego w sobie, ale jest środkiem do lepszego wykorzystania usługi zasadniczej” (wyrok ETS w sprawach C-349/96 oraz C-41/04 Levob).
Odrębne fakturowanie będzie zatem możliwe w zasadzie wyłącznie wtedy, gdy fakturowana czynność „odrywa się” od świadczenia zasadniczego na tyle, że z punktu widzenia klienta stanowi świadczenie odrębne, co należy odczytywać biorąc pod uwagę przede wszystkim zamiar stron umowy.