Niestety, niektóre organy podatkowe twierdzą, że inwestor będzie musiał zaprzestać dokonywania odpisów amortyzacyjnych od kwoty, która odpowiada wartości wydatków poniesionych na przebudowę infrastruktury technicznej (zaliczonej do wartości początkowej budynku), w momencie nieodpłatnego jej przekazania odpowiednim podmiotom, np. zakładom energetycznym, gminie itp. Uzasadniają to tym, że co do zasady odpisów amortyzacyjnych dokonuje się od wartości początkowej środków trwałych, począwszy od pierwszego miesiąca następującego po tym, w którym środek ten wprowadzono do ewidencji, do końca tego miesiąca, w którym następuje zrównanie sumy odpisów amortyzacyjnych z ich wartością początkową. Nie dotyczy to jednak sytuacji, kiedy środek trwały postawiono w stan likwidacji, zbyto lub stwierdzono jego niedobór. W praktyce – co podkreślają często organy podatkowe – jeśli następuje nieodpłatne przekazanie infrastruktury, nie można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów niezamortyzowanej części składnika odłączonego trwale od środka trwałego. Potwierdził to również Pierwszy Mazowiecki Urząd Skarbowy w Warszawie we wspomnianej już interpretacji z 17 września 2007 r. Urząd stwierdził, że „z chwilą nieodpłatnego przekazania gminie wykonanych prac spółka (...) będzie miała obowiązek zaprzestania dokonywania od tej części odpisów amortyzacyjnych”.
Coraz częściej zdarza się jednak, że fiskus pozwala zaliczyć wydatki na przebudowę infrastruktury bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów. Organy podatkowe słusznie bowiem zauważają, że zgodnie z art. 16a ust. 1 ustawy o CIT amortyzacji podlegają budowle, budynki, odrębne lokale, maszyny, urządzenia, środki transportu, inne przedmioty, które stanowią własność lub współwłasność podatnika. W związku z tym amortyzacji nie może podlegać np. droga publiczna, co do której inwestorowi nie przysługuje prawo własności ani inny tytuł prawny
Organy podatkowe zgadzają się również na to, by do kosztów uzyskania przychodów bezpośrednio zaliczać tzw. opłaty przyłączeniowe. Na przykład Pomorski Urząd Skarbowy w interpretacji z 23 marca 2006 r. (DP/PD/423-0183/ 05/AP) stwierdził, że „ponoszone przez podmioty opłaty za przyłączenie powinny być zaliczane w całej wysokości, w momencie poniesienia, do kosztów uzyskania przychodów, co wynika z ogólnej reguły art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Jeżeli z umowy o przyłączenie wynikałyby ewentualnie inne koszty (wydatki) ponoszone w celu osiągnięcia przychodów, które obciążałyby bezpośrednio odbiorców energii, wówczas takie wydatki również, co do zasady, powinny być uznane za koszty uzyskania przychodów”.
Podobne wnioski wynikają z wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 10 marca 2004 r. (III SA 2007/02). WSA orzekł, że opłaty za przyłączenie wiążące się z budową sieci i wykonaniem przyłączy ciepłowniczych, gazowych oraz elektrycznych powinny być zaliczane w całej wysokości, w momencie poniesienia, do koszów uzyskania przychodów. „Jeżeli z umowy o przyłączenie wynikałyby ewentualnie inne koszty (wydatki) ponoszone w celu osiągnięcia przychodów, które obciążałyby bezpośrednio odbiorców energii, wówczas takie wydatki również, co do zasady, powinny być uznane za koszty uzyskania przychodów. W przypadku przekazania infrastruktury przedsiębiorstwu wodociągowo-kanalizacyjnemu, niezależnie od charakteru tego przekazania, wydatki poniesione na jej budowę należy zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów” – czytamy w uzasadnieniu wyroku.
-„Droga publiczna w przebudowie nie stanowi środka trwałego podatnika. Zgodnie z (...) art. 16a ust. 2 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych wydatki poniesione na przebudowę drogi nie mogą również zostać zakwalifikowane jako inwestycje w obcym środku trwałym. Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych nie definiuje wprawdzie wprost pojęcia inwestycji w obcym środku trwałym, jednak w praktyce przyjmuje się, że taką inwestycją są nakłady poniesione na ulepszenie środka trwałego, który używany jest na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub innej umowy o podobnym charakterze. Są to zatem poniesione wydatki mające na celu przystosowanie środka trwałego do używania go przez podatnika. Do drogi tej spółka nie posiada żadnego tytułu prawnego uprawniającego do wyłącznego korzystania (...). Przedmiotowa droga nadal będzie drogą publiczną, z której będą mogły korzystać również inne osoby i podmioty” – interpretacja Izby Skarbowej w Poznaniu z 4 marca 2008 r. (LPB3/423-298/07-2/MC).
-„Droga publiczna, w której przebudowie partycypuje spółka, nie stanowi środka trwałego podatnika, gdyż nie stanowi jego własności. Wydatek na jej modernizację nie może być również traktowany jako inwestycja w obcym środku trwałym. (…) Droga jest własnością gminy, z której korzystają zarówno jej mieszkańcy, jak i spółka. (...) Wnioskodawca ponosi nakłady na budowę/ulepszenie elementów infrastruktury zewnętrznej, niestanowiącej jego własności, w celu zwiększenia przychodów własnych. Nakłady na tę infrastrukturę można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych” – interpretacja Izby Skarbowej w Warszawie z 3 marca 2008 r. (IP-PB3-423-531/07-3/DG).