Organy podatkowe stwierdziły, że objęcie udziałów w spółce dłużnika spowoduje powstanie przychodu, zgodnie z art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (ustawa o CIT). Wykluczyły jednak – powołując się na art. 15 ust. 1j pkt 3 ustawy – możliwość uznania za koszt wartości nominalnej wierzytelności wnoszonej do spółki. Przepis ten pozwala zaliczyć do kosztów jedynie wartość wkładów niepieniężnych innych niż udziały, akcje lub wartości niematerialne czy prawne (a wierzytelność nie zaliczała się do żadnej z tych kategorii) i tylko wtedy, gdy wydatki na ich nabycie nie były już wcześniej zakwalifikowane do kosztów. Tymczasem spółka zbyła należącą do niej nieruchomość, po czym rozpoznała należny przychód i zaliczyła do kosztów podatkowych niezamortyzowaną wartość środka trwałego. Zdaniem fiskusa, skoro wydatki zostały już raz zaliczone do kosztów, nie mogą być uznane za koszt po raz drugi. Potwierdził to WSA.
W wyroku tym brak jednak konsekwencji. Zarówno fiskus, jak i sąd sprzeciwiają się „podwójnemu” uznaniu wydatku za koszt, ale jednocześnie nie widzą problemu w „podwójnym” rozpoznaniu przychodu. Tymczasem sprzedając nieruchomość, podatnik rozpoznał już raz przychód do opodatkowania. Jeśli przyjmiemy, że wnosząc wierzytelność musi ponownie rozpoznać przychód, a jednocześnie nie ma już prawa do zaliczenia wartości wierzytelności do kosztów podatkowych, znajdzie się w niekorzystnym położeniu.
Wkład wnoszony na pokrycie podwyższonego kapitału zakładowego jest pieniężny, przychód z objęcia udziałów powstanie zatem z chwilą ich zbycia
Wydaje się, że w sytuacji kiedy wierzyciel wnosi swoją wierzytelność do spółki – dłużnika – w zamian za udziały w kapitale zakładowym, zastosowanie powinien znaleźć art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT, który interpretowany a contrario pozwala zaliczyć do kosztów stratę z odpłatnego zbycia wierzytelności, o ile była wcześniej rozpoznana jako przychód należny. Argumentacja ta jest jednak ryzykowna. Związane jest to z uznaniem art. 15 ust. 1j za przepis szczególny w stosunku do art. 16 ust. 1 pkt 39. Pierwszy dotyczy wniesienia aportu do spółki, którym może być również wierzytelność. Drugi – odpłatnego zbycia wierzytelności. Jeśli przyjmiemy, że wniesienie wierzytelności aportem do spółki jest rodzajem jej odpłatnego zbycia, art. 16 ust. 1 pkt 39 ma bez wątpienia charakter bardziej ogólny niż art. 15 ust. 1j.
Dokonując konwersji wierzytelności przysługującej wobec dłużnika na udziały w jego kapitale zakładowym, można jednak osiągnąć korzystne skutki podatkowe, i to bez konieczności toczenia walk z organami podatkowymi oraz sądami administracyjnymi. Kluczem do sukcesu jest zastosowanie właściwej metody konwersji wierzytelności na udziały w spółce. Art. 14 § 4 kodeksu spółek handlowych dopuszcza możliwość umownego potrącenia wierzytelności wspólnika z wierzytelnością spółki z tytułu należnej wpłaty na poczet udziałów. Tym samym nie powinno być już wątpliwości związanych z dopuszczalnością konwersji wierzytelności poprzez potrącenie wzajemnych roszczeń przysługujących wierzycielowi i spółce. Pomocny w tym wypadku może być wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 14 grudnia 2004 r.
Sąd stwierdził w nim, że „o tym, czy konwersja wierzytelności przysługującej wspólnikowi wobec spółki na udziały przybierze postać wkładu pieniężnego lub niepieniężnego, decyduje treść uchwały nadzwyczajnego zgromadzenia wspólników spółki”. Przyznanie nowych udziałów dotychczasowemu wierzycielowi spółki wymaga podwyższenia kapitału zakładowego, a to nastąpić może tylko poprzez zmianę umowy spółki, do czego wymagana jest uchwała zgromadzenia wspólników. Uchwała ta powinna określać rodzaj wkładów, jakie zostaną wniesione do spółki na pokrycie nowych udziałów w podwyższonym kapitale zakładowym. Nic nie stoi zatem na przeszkodzie, aby wspólnicy uczestniczący w zgromadzeniu zadecydowali, że nowe udziały obejmowane przez spółkę – wierzyciela – pokryte zostaną wkładem pieniężnym, a następnie, składając stosowne oświadczenie woli, potrącili wzajemną wierzytelność przysługującą spółce dłużnikowi z wierzytelnością przysługującą spółce wierzycielowi.